正军又称旗军，按明代军制每卫正军应有5600余员，从前述正军实数，可见卫所缺额严重，其原因有多方面，得从头开始捋。
卫所军人来源主要是世袭军户，隶兵部，占主要部分；除此之外还有从征、归附、谪发、垛集、抽籍等新军户来源。
从征者，诸将所素将之兵平定其他，因留戍者；归附者，胜过及诸偕伪者所部兵举部归义者也；谪发者乃谪发诸罪隶籍为兵（称为恩军）；垛集者，以民籍三户为垛集，选一户为正户，应当军役，余二户为贴户，帮贴正户，正贴可依次轮换；抽籍即简拔，从民籍丁多者中抽丁充军。
除上述外，还有少数自愿投充、籍屯田夫、因佃种军户田土、因娶故军之女承故军之产为军等现象，不提。
明朝军户和民、匠、医、阴阳等一样，‘役皆永充’，他们有自己的军田（和卫所屯田不是一回事），不用像民田一样承担赋役，但需要充军役。
军户充役的方案是，每户出一丁充军役为正军，到指定卫所当兵，称为起解，负责‘操备征进’；正军在充役时，要携带户下一名余丁随同，到营生理、辅佐正军、供给军装，是为‘军余’，二者皆免泛差杂役；保留一丁，供给在营正丁；预备一丁为‘继丁’，遇正军亡故则充役（户下如无壮丁，则将幼儿登记，是为幼丁，待成丁后勾补当差）。
这制度在执行时候就走样了，到宣宗年间出现了‘重役’，即一军户要起解两丁以上到不同卫所充当正军，是有‘夫军户族满十丁者，其一兵也，二三人或屯田，其余则以供是兵也’的现象，到隆庆年间，‘军户有一户四丁而应当三军者，有一户二丁应当二军’的现象非常普遍。
这种军户充当多出军役之所以称为‘重役’，是因为军丁起解在军籍佥编之初便有详细规定，不准在附近卫所服役，同一县的军丁，也不允许在同一卫所或同一地区服役。
为防止兵变，会将江北军丁发江南卫所、陕西发云南、四川发辽东等。嘉靖年间，浙江海宁军户共6898户，佥发的军丁就被分配到全国480个不同的卫所充役；陕西高陵军户共621户，军丁被分派到135个不同卫所。
这种不远万里充役如同松江府‘布解’，在交通不便的明朝成为军户沉重的负担。
军丁起解需要军户自己提供军装和盘缠，路途越远，耗费愈大，就造成‘路远艰难、盘费不得接济，在途逃死者多，到卫者少’、起解‘两千里之外、下产尽废矣’、艰窘军丁‘多至冻馁病死’等普遍现象。
即便军丁到达指定卫所，因远离故土，死于水土不服者也大有人在，如南方之人死于寒冻，北方之人死于瘴癘等；除此之外他们还要遭到世袭卫官的勒索、克扣拖欠月粮、降低月粮折色比等，以至于‘全抑余丁屯种养膳’。
军丁到卫后，按‘边境三七守屯，腹地二八’分工为正役旗军和屯军，守城可领月粮，大致额度为‘马军月支两石，步军总旗一石五斗，小旗一石二斗，正军有家四口以上者一石，三口以下者六斗，无妻子者四斗（另水马驿、递夫月三斗）。’
因军屯田土肥瘠、远近不同，军屯分地多寡不一，‘每军种田五十亩为一分，又或百亩、或七十、或三十、二十亩不等’。如松江金山卫‘总旗每名三十亩，小旗二十四亩，军二十亩’；河南、山东、辽东等地则是‘每军一分，每分五十亩’；陕西‘每分百亩’。
每名屯军每岁额科屯田子粒六石（全国通则）交军仓，并同州府县留存递发的税粮，由卫官发放给正役旗军作为月粮。
后来，因卫所官员刁难递送百姓等弊端，管理军仓的财权在宣德十年(1435，外放到河南的户部侍郎王佐上书)转移到了地方手中；因军屯田土、屯田子粒逐年下降，在嘉靖四十二年（1563）卫所屯田的管理权也被交由地方政府，‘卫所管屯官止许督率旗甲人等布种上纳，不许经收钱粮’。
地方政府获得军仓和军屯的管理权后，民间豪绅用强占、置换等方式占有卫所财产、良田，致使卫所正军粮饷无着；加上恩军的存在，降低了军人的地位，以致逃亡更甚。最终，只有世袭的百户、千户、指挥等职可得留存，所以才出现前面‘正军缺额，军官过剩’的统计结果。
总之，卫所制无论正额兵源，还是军屯土地都是‘久而玩，玩而废，数年以来，徒为虚文’，至‘军士逃亡且尽，田土遗失过半’。
…
徐光启如今手握尚方剑掌一省军政、有密折专奏权，可谓手眼通天，自不惧地方官绅，他担心的是来自军方的反对，他看了看正对参选淑媛评头论足的张我续和刘孔昭心，愁眉莫展。
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