依靠汉人、安抚土著、搜查金银珠宝，是郑芝龙征服台湾每一个城堡后，不变的三步曲，现在的台湾，西班牙人已经死绝了，南部只有数百荷兰战俘，其余的全部是土著与汉人。
据郑芝龙估计，土著大约有十万人，他们大多是不同时期从大陆渡海而来，只是他们失去了自己的历史，如果有家谱，不知道能不能找到他们的祖先。
不过，从他们的方言当中可以看出，这些人的话与闽南语非常相近，相互之间能勉强听得懂对方的话语，应该从福建来的居多，福建与台湾，只隔着一条狭窄的海峡。
至于汉人，大约有三万，他们的是正宗的闽南语，应该从福建来的时间还不长，如果时间久了，他们的方言可能要发生一些变化，到时候又可能找不到自己的祖先了。
如果现在不及早归化，将来台湾岛民智得到开发，会不会脱离大陆自立，谁也不准，毕竟台湾是孤悬在海上，与大陆隔着一道比心还宽的海峡。
郑芝龙要做的，先要让汉人归心，再利用汉人与土著的和睦关系，一步步同化当地的土著，当然，他只是军人，只能做好现在的事。
在大明的地方官员来到台湾之前，南海舰队充分利用当地的汉人，协助陆战队在各地建立地方军政府，初步有效统治台湾各地。
等朝廷向台湾派来大批的地方官员后，南海舰队就会从军政府中撤出，将台湾交给这些文官们，南海舰队还是要回归到征伐的本色当中。
在朝廷派来的官员到达之前，南海舰队已经占据了整个台湾岛。
梁用的陆战第十旅驻扎在台湾南部，以大员为中心，城堡还包括汕尾，附近村落由于遭到荷兰人的欺凌，在明军到来之后，由于汉人的引导下，土著也能亲近大明。
吴才茂的陆战第十一旅，已经完全荡平了大肚王国，建立以彰化城为代表的统治中心，但在此处，由于明军采用了高压政策，当地土著只是表面上归附，统治极不稳定。
北部地区～～～～，，驻扎的是金会的陆战第十二旅，师长郑兴暂时也在这儿，西班牙人修筑的圣多明戈城和圣萨尔瓦多城都被明军接管，这里的百姓曾经受到西班牙人奴役，与南方的境况差不多，当地的百姓，无论是汉人还是土著，都是比较亲近大明。
郑芝龙要抹去西班牙人曾经统治过的痕迹，他将圣多明戈城依照附近的河流，更名淡水城，圣萨尔瓦多城改用原来的名称，鸡笼，但他认为，‘鸡笼’这个名字，太过土气，难登大雅之堂，遂用了同音字：基隆。
三个陆战旅通过台湾西海岸加强联系，相互协作。
为了防止荷兰人与西班牙人从南洋派出舰队，前来报复，郑芝龙将南海舰队集中到大员港口，同时传令，滞留在广州与厦门的南海舰队余部，尽快赶到大员，与他汇合。
在清理财产的时候，郑芝龙发现，圣多明戈城与圣萨尔瓦多合在一起，都比不上一个热兰遮城，两城这仅仅搜出价值五十万两的金银，加上城中的财物和港口商船上的货物，价值也不过八十万两左右。
而热兰遮城一座城堡，就搜出价值一百二十万两的金银财物，如果荷兰东印度公司愿意用每人五百两赎买人质，又有三十万的收入。
西班牙在台湾的贸易，已经远远不如荷兰，由此可见，双方在东方的贸易对比。
在京师的时候，朱由检曾经口授郑芝龙，让他在台湾和南洋地区搜集西夷的火器、技术和书籍。
通过与大明的对比，郑芝龙发现，荷兰与西班牙的火炮，口径比大明的略，射程也近，使用的还是实心弹，他们的的火枪还停留在火铳阶段，比大明的燧发枪整整落后了一代，对大明没有多少借鉴作用。
在海军的舰船方面，西班牙在台湾仅有的几艘舰船，已经被郑兴一怒之下，全部击沉了，失去了比较的可能，荷兰的舰船，吨位比大明的广船，火炮的数量却比广船多，结构上肯定有一些参考的价值，不过郑芝龙已经为大明找了一位精通造船技术的荷兰人斯特恩。
斯特恩现在已经去了福州的造船厂，参与大明的舰船射击，但郑芝龙还是将俘获的荷兰舰船开往福州，必要的时候给斯特恩作为参考。
关于科学方面的书籍，郑芝龙倒是搜出几本，主要是孩子们学习的书籍，他命人在荷兰人的协助下，翻译成汉语，为了防止翻译上的错误，郑芝龙是命令两套人马分别翻译，等完工后一并送至京师，但这个过程时间比较长，不是几天就能完工的。
郑芝龙给国防院发出军报。
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