在所有的部署都进入正轨之后，孔驰对用电报向所有的部队发了明码电报，正式编练新军，改编军队。
在原先的五个团的基础上，又增加了十个团的编制，并且合并为五个师，每个师所辖三个团和一个炮兵营，一个整编的骑兵连，并且将参谋制度正式的建立起来，并且将政教员改称政治委员，成立专门的政训处，处长有孔驰亲自担任。
所有的政治委员都是由孔驰在军中亲自挑选，亲自培训，全是忠诚，家业和家人与孔驰的命运息息相关的人物，包括一部分“孔大少爷”的亲属，亲兵，长工，佃户，以及投降过来的一部分清朝官吏。
政训处组织建立在连上，设立政治委员制度，每个排有政治小组，班有基本的政训员；营、团以上有政治委员会，全军连级以上的政治委员全部由由孔驰直接领导，在整个军队确立了“政训处指挥每个士兵”的原则。
在基层连队建立士兵委员会的制度，由班长作为最基本的政训员，随即，部队开始整编。
这基本上就是孔驰军队的组织开端。随后，由孔驰所确立的建军原则，在整合佟国威、吴良才等人的投降清军武装、原先五个团的正规军队，在花桓县新招的新军部队总共近四万人组成了孔驰的手中的新部队。
正式成立了五个师的直属正规军，和一个师的宿卫力量，负责守卫大城市。
大帅（军长）孔驰参谋长：胡林副参谋长：佟国威后勤装备处长：孙旺
五个正规师的编制如下：
第一团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上一部分原先的民兵组成。
师长：孔全副师长：李海参谋长：李东海师政委：孔东来（孔驰的堂弟）
下辖一团团长：张义副团长：郝顺政委：张万龙（孔驰亲兵出身，张大锤的小儿子）
二团团长：王贺副团长：江波政委：高迎路（亲兵）
三团团长：赵栋副团长：钱海政委：万异才（亲兵）
第二团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上一部分原先的军警组成。
师长：张仇副师长：周校参谋长：佟玉秀师政委：孔义（孔驰的堂弟）
下辖一团团长：郝东楼副团长：李义全政委：包理会（孔驰亲兵出身）
二团团长：卢明远副团长：罗达政委：罗玉江（亲兵）
三团团长：钱万顺副团长：林罗威政委：郑开印（亲兵）
第三团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上三千新兵组成。
师长：耿石副师长：刘喜奎参谋长：朱显华师政委：孙运志
一团长：田大榜二团长：龙大海三团长：万喜（原军医队队长）
第四团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，加上三千新兵组成。
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