这个问题的本质在于，“实用”和“正确”是不同的概念。简单站个队说公正与否实际是没有意义的。一上来就先说公正的，我只能认为你们久居高位，当肉食者很多年了。
回答较长，分为如下部分：
一.宇智波的火影
二.扉间的处置
三.灭族
四.时代的局限性
五.漫画之外
附：1.宇智波家的红眼病
2.扉间的民主与钦定
3.团藏其人
4.宇智波鼬与带土合作的逻辑
一.宇智波的火影。
团扇家出不了火影这件事全赖木叶很明显是扯淡。团扇家是一个比较敏感的势力不假，但在三代、四代的位置上，没有“影”最直接的原因就是宇智波出的人根本不够格。这个问题以前就讨论过了。宇智波一族那么厉害，为什么一个火影也没有呢？?
二.扉间对宇智波的处置问题。
这确实可以套用郑伯与共叔段的故事。但非常重要的一点在于，这个故事的双方其实都不无辜，这就是个争权的故事。在这个故事里找正义是缘木求鱼。在后期秽土扉间对宇智波作出“他们天生有病”这种论断后，你们一定要认为把警务的活给团扇是知人善任的表现那就很幽默了。一族和一人是不同的。给一族这种特权是天然滋生腐败的。这样的宇智波必然会不得民心。既然本来就不希望宇智波一族靠得住（尽管可能存在个别的能力与品德并重的人才），那么由谁来负责对内的纪律整肃呢？我个人认为，这一块实际上主要是团藏在掌控，特别是九尾之乱后。团藏尾大不掉什么后果我就不赘述了。看到一些回答都认为接受特权不该端起碗吃肉、放下碗骂娘，我觉得有必要稍微解释一下我上面写的内容：扉间给特权的目的是边缘化，是希望宇智波在高层控制之内，不要搞大新闻；所以他们的特权根本不可能有名义上那么大。一个很简单的道理，宇智波真有那么大特权，那他们与团藏应该是互相制衡的关系。
实际上呢，团藏：木叶只有一个根！那就是我！
志！村！团！藏！
这个就叫没吃到羊肉还惹了一身骚。可是，这终究是愿者上钩的事。先伸手再反悔，代价是很高昂的。当然，我也衷心希望，翻到这篇答案的你，在现实中也能拥有起码的分辨实权和糖衣炮弹的能力。这是一项很重要的自保能力。
“正确”的做法应当是一开始就不给特权，宇智波应当与其他家族正常参与村中事务。好了，这实用嘛？当然不。宇智波战败投诚并不代表着这帮人必然会老实当“顺民”，“造反派”只要有条件就会抬头。柱间、扉间一代可以力压宇智波，可之后呢？那么柱间思想、扉间理论一定还能坚持下去嘛？会不会出现宇智波修正主义？此外，很容易推出，斑与柱间再次反目并造成巨大破坏这件事也更坚定了扉间实行“高帽”策略的决心——一定得把这帮子红眼病给利诱分化喽。
或许扉间也正是出于个人情感因素，并没有采取一条非常常见的战术。那就是通婚。当然这俩家族通婚要整了个小六道出来这本漫画也不用画了。实际上四战后鸣人、卡卡西在与四村（国）的外交上很重要的一条就是通婚。
三.灭族。
灭族这事儿也是被翻来覆去地讨论，是一个非常重要的撕逼点。这里其实有些事情是很滑稽的：1.因为忍族全民皆兵，所以斩草除根是正确的，木叶做得很好。可实际上千手兄弟从一开始就是在尽量避免这种事，一直在搞利诱分化。讲宇智波镜、止水、鼬，就说木叶并不歧视、给机会，怎么到了灭族的时候就认为团扇必然是铁板一块呢？还有就是屠杀老弱妇孺的事。好嘛，全民皆兵，所以“老弱妇”咱不谈。可是杀小孩这种事要讲得理直气壮就很不简单了，有点东西。我就想问问，杀小孩对吗？古来如此，便对吗？
搞这种事情怎么就公平正义了？
2.宇智波是受害者，他们是无辜的。这就很好笑了。难道你团扇先挑事摩拳擦掌准备政变我还得给你亲亲抱抱举高高不成？更别说九尾之夜那么大写轮眼印记，可疑得紧。正是武斗派这种不知死活、自恃身份高贵，认为会闹的孩子有糖吃的心态作死了宇智波。这么牛逼也没见你想出办法洗清嫌疑啊。争权就是争权，别说得和被压迫人民绝望的反抗一样。
当政变是过家家呢？
木叶“正确”的做法是该调查调查，该抓人抓人，而不是一刀切。然而这是不可能做到的。首先，三战后的木叶景况不佳。没错，三战成就了波风水门的威名，但他更多是作为战场救火员的身份出现，挽狂澜于既倒。那如果没有波风水门呢？水门一代除了水门，几乎找不出叫得上名的顶级战力。而许多人吹嘘的背景角色木叶白牙，第一，夹在水门与三忍之间；第二，死了。猿飞四人帮和二战成名的三忍在三战依然是王牌。并且纲手应该已经离村了。其次，在此基础上，九尾之乱发生了，又死了一批，甚至包括那个三战MVP。此时的木叶已经虚弱到云隐骑在头上拉屎都只能妥协的地步（雏田事件）。即便在这种环境下，止水死后，宇智波基本就没胜算了。可是，这并不意味着木叶可以花很多精力慢慢来。最简单的方法就是一刀切，时间不等人。
宇智波鼬将“没有充足证据就先行监禁，最后灭族”这种事揽在自己身上是为了家族的名誉（战斗一族不过尔尔），更是为了木叶的稳定。木叶的根基实仍然是一个家族军事联盟。如果团藏、猿飞先灭族再宣布宇智波反革命会如何呢？影响可不见得好。建村的第二大家族说灭就灭，其他家族会一点想法都没有吗？至于那些宇智波的种子，木叶此时真的有能力保证他们不倒向其他村子吗？雏田是被拐走未遂，而宇智波之子们更可能自愿离开。
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