明朝建立的是一种全新的军事制度――卫所制。
根据这种卫所制，在中央设前、后、中、左、右五军都督府，作为全国最高军事机构。
五军都督府统辖若干都司，都司统辖设立在全国各州县的若干卫所，大体以五千六百人为一卫，设指挥使等官，管辖五个千户所。以一千二百人为一个千户所，设千户等官，管辖是个百户所。以一百二十人为一个百户所，设白户、总旗等官，管辖两个总旗，十个小旗。
截止1393年，即洪武26年，全国共有十七个都司，三个行都司，一个留守司，三百二十九个卫，六十五个守御千户所，军数约为一百二十万人。
当时卫所的兵源有四类，第一是“从征”，即原来的农民起义军战士，包括反元各部的战士；第二是“归附”，即投降的元军；第三是“谪发”，因“罪”而罚充的官吏或士民，称作“恩军”或“长生军”；第四是“垛集”，即征调平民充军，世世代代成为军户。
显而易见，在明朝的后期，兵源已经缺乏“从征”和“归附”来源，这样明军的组成就从明初时候颇有理想和斗志的“从征”军为主变成以“谪发”和“垛集”为主，部队成员发生了很大变化，也就直接导致了战斗力的下降。
五军都督府的职责是负责军队的管理和训练，而军官的任命、军队的调遣则属于兵部。一旦战事开启，兵部则听从皇帝的旨意，任命总兵将官，发给印信，战事结束，将官交还印信，士兵回归卫所。
明朝政府通过这样的军事制度使得将帅的权力受到大幅削减，而皇帝控制了全部的兵权，卫所制度能够避免将帅拥兵自重的危险，但是却造成了兵不识将，将不识兵的状况，削弱了军队的战斗力。
当然，在明朝的后期，这种现象得到了改变，由于明朝政府已经无力控制整个局势，就采用募兵制的做法，并且不得已的放任兵权的转移，明朝的中央集权转变成为地方军阀割据。
其实在清朝后期，甚至是每个王朝后期，比如东汉末年、唐朝末年，都出现了类似情况，由于中央政府的**无能，不得不在无力解决危机的情况下将兵权下放，这显然会带来更大的危机，但是这时候的中央政府已经顾不得这么多了。
在渴死和喝毒酒面前，任何的选择都将是错误，后人唯一应该反思的是，究竟是什么使得一个庞大国家的中央政府沦落到如此的窘迫。
而明朝就得从军屯制度说起。
1392年（洪武二十五年），明朝政府制定了军事屯地制度，其中规定：边军三分守城，七分屯种；内地二分守城，八分屯种。每个军士受田一份（五十亩），由朝廷供给耕牛、种子、农具，三年后交纳赋税，每亩一斗。
1402年（建文4年）规定屯田赋税条例，军士一份屯田，征粮十二石，置于屯仓，由本军自行支配，余粮上缴，作为本卫官军俸饷。
这些政策刺激了军士屯田的积极性，在明朝初期，军屯政策不仅可以支付粮饷军需，还能略有剩余，军屯的税粮是早期明朝政府的主要收入之一。
除军屯外，还有民屯。明初统治者多次组织人多地少的“狭乡”农民到人少地多的“宽乡”去屯种，还把蒙古族人民迁徙到各地去屯种。这些屯民除移民外，还有“召募”和“罪徒”。他们直接由明朝地方政府管理，军屯则属於卫所管理。
自从宣宗之后，军屯渐渐衰废。《明史食货志》说，宣德时候，屡次核实各处军屯田地，年产余粮减半。英宗正统以后，军屯管理更加松弛，屯粮仅存三分之二。
造成军屯制度备破坏的根本原因是明朝政治的**，****的恶政就像是一头徘徊在明帝国周围的怪兽，它轻易撕碎任何改革改良的政策制度，慢慢将这个庞大帝国的血液吸干，最终连同这个帝国一起走向毁灭。
自明宣宗宣德以后，“臣僚宴乐，以奢相尚”，尤其是到英宗正统时土地迅速集中，朱姓皇族地主更加恶性膨胀。明朝政府给亲王庄田多达10万亩。
嘉靖时岁支各藩禄米至853万石，再加上一批皇亲国戚，构成一个庞大的寄生阶层。他们凭借政治特权，往往以“空地”、“闲地”、“退滩地”、“荒地”种种名目，向皇帝“奏讨”，“乞请”赐田，官僚地主也乘机大肆兼并土地。
剧烈的土地兼并，破坏了明初建立的屯田制度，原来的军屯，这时已经“田归豪室，赋累贫军”。
明朝政府因为军事的需要，将临时派遣的军官改为长期驻守，这样他们就成为了地方重要的军事长官，为了管理这些官员，明朝又设立了巡抚、总督的职位，
可以节制都司，因为打乱了卫所制的统辖系统，朝廷中贵戚官僚任意驱使军士建造寺庙和宫室。地方将领把军士变为劳工，卫所军备军官更是任意役使，军士甚至被迫为权贵种田，沦为佃户，军官也开始向军士“卖闲”，比如每月交纳200钱就可免除军事训练。
剥削和不公正造成了军士的大量逃亡，而军官们不仅不予理睬，反而引以为利，一方面贪污缺额的军饷，另一方面向逃亡的军士敲诈勒索，于是卫所军官便成了有利可图的职位。商贾子弟纷纷重金行贿，求得此职以饱私囊，或将家奴登入军籍，借此来贪污军饷。
另一方面，明代重文轻武，当时人人诵读的启蒙读物《神童诗》起首便是“少小需勤学，文章可立身；满朝朱紫贵，尽是读书人。”“天子重英豪，文章教尔曹；万般皆下品，惟有读书高”，在这样的社会环境下，军户子弟更是地位低下。
大量军士因得不到军饷又遭受如此剥削，加上社会地位过低而极力摆拖军户身份，所以尽管朝廷三令五申，严禁逃亡，但是军士逃亡的数字有增无减。
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