面对法庭所出具的各种人证物证，松井石根不得不供认道：
“余于1937年11月被任命为华中方面军司令官。攻击南京时不意若干青年军人竟于占领南京时有残暴行为，实属遗憾。”但他并不服罪。他想避重就轻，推卸责任。于是他使出第三招。
松井石根大言不惭：“我始终坚信，日中之间的斗争是亚洲大家庭中兄弟间的争吵，日本不可避免地要动用武力，以拯救旅居中国的日本侨民，保护我们的权益，这同哥哥经长期忍耐后赶走不听话的弟弟没什么两样，目的仅仅是促使中国回心转意。驱使这一行动的动机并非仇恨而是爱怜。”
他说：“由于我多年宿愿乃是使日**存共荣，因此在占领南京时采取种种预防措施，以避免这一战争给全体中国人民带来苦难。”
松井石根的辩护人、曾驻南京的第九师团第三十六联队长胁坂次郎大佐在宣誓证词中说：“松井大将常常训示部属要严守军纪3纪，宣抚爱护居民。”
难以置信的是，松井石根怎么竟能承受住事实与谎言之间如此巨大的反向力量。在暴行达到顶峰时，国际安全区的负责人竭力对兽军进行劝阻，同他们讨价还价地谈条件，通过新闻记者向世界舆论揭露兽军的暴行，同时将暴行整理成备忘录，两次通过外交途径向兽军当局提出强烈抗议。
检察官季南并没有受到干扰，他讯问道：“国际委员会送交的日军暴行备忘录，你看到过吗?”
松井石根回答：“见到过。”
“那么你采取的究竟是些什么措施呢?”
“我出过一张整饬军纪的布告，贴在一座寺庙的门口。”
“你以为在浩大的南京城内，日军杀人如麻，每天有成千成万的男女被屠杀和**，你的一张布告会有什么效力吗?”
松井G塞。他想了想，说：“我还派了宪兵维持秩序。”
“多少宪兵?”
“记不清了，大约有几十名。”
“你以为在几万日军到处疯狂地杀人、放火、**、抢劫的情况下，这样少数的宪兵能起到制止的作用吗?”
松井又想了想，说：“我想能够。”
当证人证实当时南京只有17名宪兵，这些宪兵本身也参加了暴行时，松井烟鬼般的脸上又重重地刷上了一层死灰色。
松井企图逃脱罪责的努力落空了。
早于开庭审判前的调查讯问期间，松井就力图推卸自己的责任。面对莫罗检察官的讯问，他说要把日军在战场上的行为同作战外的不法行为区分开来，犯罪分子当时已被处置。他强调说，他并非是要谴责朝香宫，但南京暴行确实是朝香宫任司令官的上海派遣军部队干的。为了表明自己是个虔诚的佛教徒，具有积德行善的情怀，他告诉莫罗，他从南京回国后，即在热海市附近的伊豆山上修建了一座神殿，塑了一尊观音菩萨的全身像，并将从长江盆地运来的染血的泥土撒在基座上。他曾昼夜不息地在这神像前为两**人的亡灵得以安息，为世界和平得以实现而祈祷。
这在无意当中透露出日本政府对南京大屠杀的态度。迫于世界各国舆论的压力，松井石根及其部下80名将校被召回国内，但没有受到任何处罚。松井回国后被任命为内阁参议。由于在战争中的“功劳”，日本天皇还于1942年给他授勋。他对人说，他回国不是因为他的军队在南京犯了暴行，而是他的任务到了南京业已终结。
夫人矶部文子陪着他到伊豆的山淙淙园静养。陶瓷观音像落成后，他写了一篇《兴亚观音缘起》的文章刻在它的基石上。文章写道：
“中国事变，友邻相争，扫灭众多生命，实乃千古之惨事也。余拜大命转战江南之野，所亡生灵无数，诚不堪痛惜之至。兹为吊慰此等亡灵，特采江南各地战场染彼鲜血之土，建此‘施无畏者慈眼视众生观音菩萨’像，以此功德，普渡人生……”
抑或松井石根真的要立地成佛了?臂带“MP”标志的国际宪兵在巢鸭监狱宽大的走廊里来回走动，粗重的皮靴踏下去，传出响亮的震感。松井感到不安了?感到恐惧了?而生反悔之心了?他用血腥气犹烈的手，在牢房的墙上挂了一幅观音画像，每天早晚在像前合十礼拜，诵读《般若心经》和《观音经》。他在等待着最后的命运。
因南京大屠杀而作为甲级战犯同时受审的，还有华中方面军副参谋长武藤章。
武藤章协助松井指挥日军攻陷南京后，奉命安排日军宿地。他借口“城外的宿地不足”，“由于缺水而不敷使用”，命令城外的日军可随意在南京城内选择宿营地。堤坝开了，亢奋的洪水撞击着，嘶喊着，带着巨大的破坏力昼夜不停地在大街小巷奔流，给市民带来了灭顶之灾。12月17日，日军举行盛大的“入城式”，他陪同松井石根穿过中山门，进入血雨腥3的南京城，分享着兽兵们对统帅的欢呼。第二天，他又陪同松井参加了“慰灵祭”。对于发生在他身边的烧、杀、奸、掠，他只是狞笑，狞笑。他给了狂兽们更大的勇气和更野蛮的**。
残暴是他的性格。1945年初，武藤章任驻菲律宾的日本第十四方面军参谋长，指挥日军同美军作战。美军到达之前，他的部下在马尼拉市抢劫、**、屠杀，制造了骇人听闻的“马尼拉惨案”。
在“马尼拉惨案”中，最为残忍的是日军在圣保罗大学一次杀害800多菲律宾儿童。兽兵们在大学餐厅里摆放了一些点心，把800名孩子哄骗进来。正当孩子们吃点心的时候，一个兽兵拉动了藏在灯架内的集束手榴弹，悬挂在儿童头顶的五盏枝型吊灯轰然一声巨响，屋顶掀开了，孩子们被炸得血肉横飞，没死的在奔跑中倒在了机枪的火舌下。多么残酷的游戏，只有灭绝人性的疯兽才能干出这样的勾当。还有，日军士兵强迫一名美国俘虏把自己手背上的皮剥下来吃掉。一批平民像圈羊般被赶到一起，四周堆满浇上汽油的木器，一把大火点燃，烧干了人血。日军在光天化日之下恣意**年轻姑娘。反抗被斩首，颅腔里往外喷着热血的尸体也遭到**。可怜的姑娘，他们连一个干净的尸体都不留给她！值得提出的是，日军制造“马尼拉惨案”，是在指挥官的命令和准许下进行的。美军缴获到一份这样的日军命令：“杀死菲律宾人时，尽量集中在一个地方，采用节省弹药和人力的方式进行，尸体的处理很麻烦，应把尸体塞进预定烧掉或炸毁的房屋里，或扔进河里。”
二战期间在太平洋战场发生的“三大惨案”，即南京大屠杀、菲律宾大屠杀和泰缅铁路战俘事件，武藤章主谋参与的就占了两个。
远东国际军事法庭根据大量的人证、物证，确认南京大屠杀是现代战史上破天荒之残暴纪录。在长达1218页的《判决书》中，用两个专章，作了题为“攻击南京”和“南京大屠杀”的判词。
《判决书》认定了松井在侵占南京中的作用：
“松井被任命为上海派遣军司令官离东京赴战地时，他已经想好了在预定占领上海后就进兵南京。他在离东京前，要求给上海派遣军5个师团。因为他早就对上海和南京附近的地形作过调查，所以他对进攻南京作了实际的准备。”
松井和武藤纵容暴行：
“1937年12月初，当松井所指挥的华中方面军接近南京市的时候，百万居民的半数以上及全体中立国的国民——其中除少数留下来以便组织国际安全区外——都逃出了南京。……因为中**队差不多已全部从南京市撤退，或已弃去武器和军服到国际安全区中避难。所以，1937年12月13日早晨的占领完全没有遭到抵抗。日本兵云集在市内并且犯下了种种暴行。……日军在占领南京后，至少有六个礼拜，包括松井和武藤入城后的至少四个礼拜，一直不断地在大规模地进行着大屠杀。”
暴行惊天地，泣鬼神：
“中国人像兔子似地被猎取着。”
“全城中无论是年轻的少女或老年的妇人，多数都奸污了。并且在这种**中，还有许多变态的和淫虐狂行为的事例。许多妇女在遭强暴后被杀，躯体被斩断。”
“日军仅于占领南京后最初的六个星期内，不算大量抛江焚毁的尸体，即屠杀了平民和俘虏20万人以上。”
武藤与松井完全知道所发生的种种暴行：
“南京安全区委员会干事史密斯说：‘在最初的六个礼拜中，曾每天提出两次抗议。……无论是武藤和松井都曾承认，南京失陷后，他们还在后方地区的司令部时，就已听到过在南京所犯的暴行。松井承认，他曾听说过许多外国政府已对这类暴行提出了抗议。”
松井是指挥南京大屠杀的罪魁祸首，其大罪不容抵赖：
“松井在1935年退役，在1937年因指挥上海派遣军而复返现役。接着，被任命为包括上海派遣军和第十军的华中方面军司令官。他率领这些军队，在1937年12月13日占领了南京市。中**队在南京陷落前就撤退了，因此所占领的是无抵抗的都市。接着发生的是日本陆军对无力的市民施行了长期持续的最恐怖的暴行。日本军人进行了大批屠杀、杀害个人、**、抢劫及放火。……当这些恐怖的突发事件达到最**时，即12月17日，松井进南京城并曾停留了五至七天左右。根据他本身的观察和参谋的报告，他理应知道发生了什么事情。他自己承认曾从宪兵队和使、领馆人员处听说过他的军队有某种程度的非法行为。在南京的日本外交代表每天收到关于此类暴行的报告，他们并将这些事报告给东京。本法庭认为有充分证据证明松井知道发生了什么样的事情。对于这些恐怖行为，他置若罔闻，或没有采取有效办法来缓和它。”
没有根据证实松井由于生病而无法实施制止暴行的愿望：
“他的疾病既没有阻碍他指挥在他指导下的作战行动，又没有阻碍他在发生这类暴行时访问该市区达数日之久。而对于这类暴行具有责任的军队又是属他指挥的。他是知道这类暴行的。他既有义务也有权力统治自己的军队和保护南京的不幸市民。由于他怠忽这些义务的履行。不能不认为他负有犯罪责任。”
武藤章被认定犯有参与策划发动侵略战争、制造南京大屠杀和马尼拉惨案等多项罪行。
时间倒退回到1937年年末。
朝香宫鸠彦毕恭毕敬地走进明治宫殿二层的政务室，天皇还没到。像往常一样，天皇宽大的办公桌上放着砚台盒、印色盒、笔洗、自来水笔的贮墨管，还有圆形钟表和台灯。此外，天皇不离手边的生物学笔记和分类卡片也放于台案上。桌子的后面放着一张深咖啡色的皮转椅。椅子右后方的墙角有一个装饰架，上层是林肯的胸像，下层是达尔文的像。
天皇走了进来。如果是去绫绮殿，他是要穿黄栌染御袍的。而来这里，他通常身穿陆军大元帅军服，戴着大勋位的副章，腰际挎着元帅佩刀。“七;七”事变以后，他停止了一切娱乐，全神贯注于战争全局。
朝香宫深深地垂头敬礼，天皇也轻轻点了下头。
天皇看了他的这位叔父一眼：“华中方面的战事，你怎么看?”
朝香宫有所预料：“最近的局势很可乐观。”
“有必胜的把握吗?”
“皇军无敌。”
“是这样吗?”天皇紧接着说：“听说松井石根大将近来身体不好。我想派你担任上海派遣军司令官，协助他会攻南京，逼迫南京政权投降。”
朝香宫胸部一挺，提高声量说：“臣有信心发扬日本武威使中国屈服！”
天皇点点头。朝香宫多次煽动少壮军人闹事，他对这位不安分的叔父是不满意的。这回好像是要给他一次将功补过的机会。
受命后尚未出发，朝香宫就迫不急待地把天皇的决心电告前线部队：“切望攻占南京”。12月5日，他带着加盖了国玺的绝密敕令飞离东京，7日到达华中前线，敕令里写道：“华中方面军司令官当与海军协同进攻敌国首都南京。”弧光一闪，朝香宫拔出雪亮的指挥刀。
部队接到了亲王的密令：“杀死全部俘虏。”
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