在中路的德国装甲部队取得胜利的同时，掩护其两翼的2集团军也取得了不小的进展。在北方集团军群右翼，第集团军早在6月23就占领了考纳斯。而左路第18集团军下属的第38军步兵第291师则在突破国境线后，在34小时内穿44英里，兵临.:>（当时被称为利巴瓦）城下，包围该城并很快发动了进攻。这座基地对于德军来说十分的重要，因为，这个港口是波罗的海的一个重要的出口。如果德军能够顺利的拿下这个港口，那么他们强大的舰队就能够顺利的进入波罗的海直达列宁格勒。
为了确保拿下这座苏联海军基地，德国统帅部为库特.赫尔措格中将指挥的步兵第291师配属了大量加强部队，其中包4机枪营、3个摩托车连、3轻型自行高炮连、2列装甲列车和9个炮兵营、2列车炮连（2个150农炮营、2个210加农炮营、装备280米列车重炮的第690车炮连），2空军侦察机中队。
苏军在利耶帕亚的守备部队包括杰达耶夫少将指挥下的苏军第8团军步兵第67师的5300人，以及克文斯基海军上校领导的海军基地守备队，总的兵力只有13000，在人数和火力上都处于绝对劣势。但这些部队仍然进行了殊死抵抗。双方在城内发生了激烈的巷战，给德军造成严重的人员伤亡。6月28，德军终于占领了利耶帕亚，该城的守备司令杰达耶夫本人在此前的6月25战死，而他的部下有些一直坚守到了6月2日。在德军第1军和第26军进攻下的拉脱维亚首都里加，战斗同样激烈。从6月27德军攻入城市，到7月1日苏军放弃里加前，红军的守备部队重创了担任里加主攻任务的德军“拉施”团群（隶属于第1军，指挥官拉施上校，后来的柯尼斯堡卫戍司令）。
连续丢失利巴瓦和里加基地后，苏军红旗波罗的海舰队只得冒着德国空军的猛烈袭击，撤退到了塔林。在利巴瓦，该舰队损失了“列宁”号驱逐舰和艘潜水艇。
到6月25，德军北方集团军群已经在苏联境内推进了80～250里。成功的控制了多个港口，包括芬兰的科汉半岛。
但出乎德国统帅部意料之外的是，在反击失利，德军全面推进的情况下，苏军西北方面军并没有像他们事先估计得那样死守波罗的海地区，而是迅速进行了全面撤退，其速度每昼夜达3540里。苏联在战前吞并这一地区的目的，无非是要获得一块掩护列宁格勒的缓冲地带而已。从6月29日开始，西北方面军下属的第8集团军和第11集团军分别向北、南两个不同的方向退却，在其间出现的大缺口使已经渡过了西德维纳河的德军4甲集群得以更为顺利的进攻。尤其是负责掩护普斯科夫方向的红军第11集团军，此时已经陷入了无指挥状
乘此良机，7月5日，德军摩托化41军的先头部队在克服苏军坦克部队的抵抗后，扑向这座通往列宁格勒的门户城市。设在普斯科夫的西北方面军司令部只得匆忙撤向东北方向的诺夫哥罗德。7月9日，普斯科夫落入德军摩托化41军之手，纳粹的铁蹄踏入了俄罗斯领托化41军军长莱因特哈特喜出望外的是，在该城附近的铁的部下还缴获了一列满载新式坦克的苏军军列。
为了保住受到德国装甲部队威胁的列宁格勒，红军只得将从莫斯科军区抽调来的步兵41、22军，以及从>|战斗，并以这3军组成了新的第11集团军（第11集团军原有的部队被编入第27集团军）。他们和新组建的卢加战役集群（北方方面军的部队）的任务，是拼死挡住德国4甲集群通向十月革命之城的道路。
红军在波罗的海地区的撤退组织得混乱不堪，大量部队在不知道应该撤退到什么地方、应该从哪里渡河的情况下和难民一道，在德国破坏分子和当地民族主义者的不断袭扰下，乱哄哄地盲目退却。但在德国人看来，与其他方向的苏军相比，红军西北方面军的撤退居然还算是比较成功的。这里的部分原因在于这个战区的德国装甲部队在缺乏步兵配合的情况下，往往让已经被截断了后路的苏联军队从德军松散的战斗队形当中“漏”了出去，有时德军摩托化部队即使抢占了渡口，也无法截住蜂拥而来的苏军。正如当时指挥摩托化第.
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