赵昺之所以这次敢如此大手笔改革朝堂机构，不怕众大臣与自己急，其实，这也与他平时的做法分不开的。这几年来，赵昺按着社会的发展需要，总要在每年设立一个或几个新增部门。刚开始时，大家还有点看法和意见，但赵昺每次新增一个部门都有自己充足的理由。各大臣们慢慢也就懒得再和赵昺争执，反正你家的天下，你愿意多设官吏，大家也乐得有机会做官拿俸禄。
赵昺其实是温水煮青蛙，慢慢新增一些部门，就是为了这最后的一锤子砸下来，为最终的机构改革创造条件。等大家都习惯了赵昺的作法，然后，再来个猛药，彻底打破原有的机构部门，重新整合，让朝廷变得更有生气，更有活力，更有效率，从而也摒弃了原有不足之处，而且还能防止冗官现象的发生。
而且，赵昺从一开始，就把跟随自己南钓而来的众多官员，以现今朝堂过小，大家只能轮流到地方上任责，从基层做起。明的是给那些闲官找点事做，暗中却是培养他们管理的能力，也培养他们养成紧密联系下层百姓，多做具体事的良好习惯。经过这些年的轮流交换到各地做官，许多过去只会夸夸其谈、五谷不分、五体不勤，**成性的官员，变成了能吃苦，会办事的官员，也明白了最基层存在的问题和解决问题的方法，而且有许多官员成了真下的实干家。
现在，赵昺认为水到渠可成的时机，借着这次元朝内部纷乱之时，借机反攻大陆。这样，赵昺把这些事交待下去，把各部门的职能讲清楚，谁该干什么，哪些事是谁应该负起责任的，都写得明明白白。除非大的事情才交给朝堂商讨后，最后由皇帝用印处理，别的事情，是哪个部门的职权范围内，哪个部门的首脑人物只需按照职权和条例最终处理、决策就可以了。这样，赵昺把权力下放，自己也能落个轻松。
当然了，这次的机构改革，一定会引起纷扰的，还会有许多人极力反对的。但赵昺已懒得去管这事，他只需要率领军队，拿下闽广地区，用强大的军事胜利来冲淡大家的注意力，同时，也用军事上的胜利来去撑自己，震摄那些有想法的大臣，以便自己强势实行自己的政治目的，也为将来政治制度的改革打下良好的基础。
其实，赵昺的机构改革，也就是拿了后世的政府部门，按各部门的职能来制定的。当然，在这样的时代，也不可能全部照搬，所以，他还是在某些部门有所改变的。
对于后世各国的政府机构和政府职能及宪法要点，赵昺知道，在当今的宋朝，全盘照搬是完全行不通的。不论是君主立宪，三权分立，还是后世的中国体制，放在眼下的大宋，肯定会乱成一团糟。他现在只想着如何能更好地维护好自己的权力，又能减轻自己的负担，而且还能行之有效地把这个国家管理好。于是，他结合后世先进国家的政府机构及职能，决定还是把孙中山的五权宪法去掉一个，先试着搞个四权宪法，就是立法权、行政权、司法权、监察权，各自独立运作并互相监督制衡。
这样，赵昺按这个思路，终于炮制出一套自己的体系来，打乱了宋朝一代的中央体制，重新设立中央各部门的机构和职能。
早先，赵昺就提出了军政分离一说，但在实际的操作过程中，军队虽说自立一体，可是，朝堂政事对军队的干涉还是很严重的。这次他再一次明确提出了军政分离，特别设立大宋军事委员会，直接对皇帝负责，皇帝成了名副其实的军队首领。这次他也不再称自己为三军总司令，干脆就按后世的叫法，搞个军委主席，由自己的担任。
大宋军事委员会下设国防部、总参谋部、总后勤装备部、宪兵部。
国防部相当于兵部，作为军事管理系统，负责军事外交、兵役、军事训练、国防教育等工作，仍由凌震任部长。
总参谋部相当于枢密院，作为作战指挥系统，平时负责为作战部队制订作战计划，实施作战指导，统一军队兵种作战训练原则，不过问军事管理事务。通过朝廷制定战略目标后，由总参谋部下达作战计划，实行总体战场指挥和监督。总参谋长仍由张世杰担任。总参谋部下设军情处，由江宗杰负责，除了给总参谋部提供情报外，直接由赵昺领导。
总后勤装备部负责后勤保障工作，管理“大宋军工研究所”的武器装备计划和研发，以及将士的军饷及各种抚恤金的发放。这个部门是个肥缺，暂时由赵昺全权负责。
宪兵部主要负责军纪的整顿和对将士的监督作用，平时各级军队中都要有宪兵部的人员坐镇。他们没有作战任务，负责纠察、军纪、军功评审记录和对将士们的心理疏导工作，相当于后世的指导员，属文职人员，没有指挥权，只有建议权。在宪兵部下设有军事法庭，在军队中具有执法审判之权利。这个部的部长由宋理宗的驸马都慰、谢道清的侄儿杨镇辅助赵昺管理。杨镇曾经也是个作战勇敢之人，而且有从龙之功，只因为是内戚，一直被冷藏着。赵昺对其调查很久，觉得这个人性格耿直，办事公正，没有多少私欲，放在这个位置上，赵昺还是放心的。
军队，赵昺知道在这非常时期，一定要牢牢把握在手中，他可以直接发布战争命令。具体以后时局稳定后，再如何改革，那是后话了。
剩下的就是四权宪法中的立法权、行政权、司法权、监察权四个机构。
行政权当然要由国家最高政府来执行，赵昺设立国家事务机关，称着国务院，由文天祥任国务院总理。国务院是最高国家行政机关，亦是最高国家权力机关“大宋全民议会”的执行机关。下设外交部、教育体育部、科学技术部、工业部、财政部、预算审计部、建设部、交通部、水利部、农业部、商务部、文化宣传部、卫生部、大宋银行。
另设公安部和国安部。
前者护维社会治安秩序、进行执法过程中的刑侦、审询、执行、预防、制止和侦查违法犯罪活动；管理交通、消防、户籍、出入境事务和外国人在中国境内各项活动；平时有警卫、治安保卫职能。属于武装团体。
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