该校不但各种教学的设施十分齐全，还配备有大小教学船只十余艘，可谓是部门齐全，设备繁多，可以说除了师资力量和底蕴外，这所学院里面的其余各个方面，完全不下于大英帝国的皇家海军学院，也是当今世界最完善的海军学堂之一。
眼下已经有千余名学员在军事学堂里面进行学习，进行各种关于海战的具体战术和指挥的专业知识培训，这些学员主要包括从各个舰队里面挑选出来的基层人才，此外还有从王府所收容的大批孤儿里挑选的人才，也有吕宋当地居民的子弟，还有原属台湾郑家和福建耿家的一些军官，以及部分从各个大小山寨里面挑出来的水战人才，还有少量的原海盗人员和外籍雇佣兵等，人员成分比较复杂。
这些人要在这里接受两年时间的学习和培训，然后才能够成为一名合格的舰船指挥人才。在军校里面，他们除了学习技战术知识，还将通过密集的思想政治教育，逐步树立起正确的国家民族的概念，明白荣誉二字，学会团结同事，尽量的消除彼此的生疏与隔阂，消除掉原本身上的各种恶习，重新熔铸为一个新的团体，从而为了一个共同的目标而努力学习。也是由于人员成分的复杂性，使得这些学员们反而有了竞争意识，快速的收敛了一些旧有的恶习，迅速的改变和提高自己，力争能早日能够顺利毕业，进入军队任职，在战斗中获取功勋。
当然也有不利的一面，各种不同地域和语言，也造成了各种矛盾，争执与打闹就在所难免，对于这种情况，除了严明纪律，对当事人予以惩处外，就是大力宣传团结的重要性，比如军事竞赛，劳动竞赛，歌咏比赛等活动不时举行，大大拉近了学员间的距离，逐渐把他们捏合成为一个整体。
当然，学校里面也免不了拉帮结派，各种小团体也很多，对于这种情况，只要宗旨目标合乎大义，王府一般不予干涉。而负责教授这些学员的教官，成分也比较复杂，比如具体的水战部分，除了如沐剑声这种王府的核心人物外，还有有参加过几次海战的现役指挥官，以及负伤退役的残疾军官，甚至还有少量的西班牙、荷兰等外籍军官。
其中至关重要的政工思想方面，则由一些从吕宋军事学院转来的老资格教官负责，以保证这些学员的思想能够迅速消除旧有的恶习陋习，从思想上真正的转变过来，成为具有高度责任感、使命感、荣誉感的合格军人，为王府的统一大业贡献自己的力量，在这一方面，崖山岛上新建成的博物馆，承担了不可替代的巨大作用。
为了鼓舞这些学员，提升他们的战斗欲望和精神境界，崖山岛被建成为一个遗址博物馆，主要用来纪念四百多年前南宋王朝灭亡的那场悲壮一幕，来激励水师学院这些学员，给予他们最为深刻的警示。十万民众齐蹈海，崖山之后无中华！南宋王朝最后一刻君臣子民的死亡之旅，诠释了这个世界冰冷的一条铁律——弱肉强食。所谓国虽大，好战必亡；国虽安，忘战必危，每一个弱小的民族，如果不能够团结一心，逐步壮大，最终只会无声消亡，而一个即便人员众多的民族，如果没有凝聚力和向心力，没有足够用于保护自己的军事实力，也难以称之为强大的民族，也就难免会遭受欺压，面对国破家亡的结局，所谓的气节，真的只是一种无奈的抗争。
除了崖山水师学堂，吕宋的军事学校里面也有水师科目，负责培养水上的军事人才，但是就数量规模和科目种类划分等等，都远远不及崖山水师学堂众多。崖山每两年毕业千余人，而吕宋的水军人才，一年一期学生毕业，不过二三百人规模，于是随着时间的推移，吕宋的学院逐渐转变为水师地勤后备人才的培训，培训期限也逐渐延长为两年，以便培训出来的人才更加专业称职。
从永历二十九年到复兴监国时期，吕宋内湖湖心岛上的军事学校也逐步走向完善。目前该学院有学员近两千人，分为大小二十个分科，其中水师学员四百多人，科目为造船、地勤、动力、技战术指挥四大科目。陆军分为步兵、骑兵和炮兵三大类，步兵有指挥、后勤、工程、训导、谍战等科目，骑兵则只开设了指挥、兽医和后勤三大科，炮兵则分为指挥、工程两大科，而具体到每个学员，则要在一年的时间里面，完成十余科目的学习，成绩合格者才能够毕业。
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