这样经过整编之后，沐王府的军队也实现了真正的职能分离，也基本完成了以后军队主体构成的框架，将地方驻军与野战部队基本按照职能划分开来，理清了主次关系，明确了各自的作战任务，也相应的提升了战斗力，为以后的扩军行动奠定了基础。
借助整军的空闲时间，沐剑声还抽空把精力都从军事方面收回，投入到了眼下内部的各项建设和人员机构调整之中，对王府各个关键的文职进行了调整，以便进一步巩固加深自己的掌控力，维持自己在整个大明政权的核心地位，保证各项命令的贯彻执行。
按照沐剑声的思路，王府辖区分为闽粤琼台和吕宋、盘龙六个省，正式设立了省级职能部门，行政首脑为高官，主抓省内全面的工作，具体向中央负责，又设立藩台（高官）、布政使、转运使、提刑使为其副职，各自负责一部具体事务，牵制高官的权力。
这其中，广东省高官为白寒松兼任，福建省高官为顾炎武，吕宋省高官为唐甄，盘龙省高官为迪洛（当地土著首领），琼海省高官为李因笃，台湾省高官为陈近南。此外又设置后方的军事指挥首脑，职务为指挥使，其中吕宋指挥使为李西华兼任，琼海指挥使为刘富贵，盘龙指挥使苏况，台湾指挥使为沐雷，协助高官安顿地方。至于闽粤两省，因为属于作战前沿，由大本营统一指挥。之所以提升海南和台湾两个大岛为省级区划，也是为了突出其重要性，同时达到扩大省级编制数量的目的，给外人以强大的表象。
除了以上所安排人员，其余如钱忠、傅山、方以智、吴立身、朱俨堃、郑经、耿精忠、石影、金牧远、沐天池、史啸风、柳晟、高明扬、姜柯、赵俨、王熙、施世纶、文庄、宁源、谭忠、尚之平等人，也都被提升为中央的吏户礼兵刑工各部和正副省级官员，主管处理王府的全盘具体事务，这些人暂时组成了王府政权的核心领导阶层，管理各地，有力的保证了王府各项军政命令的实施。
在省以下，又设立有府衙，其首脑为知府，副职有同知、通判、提刑、推官等，分管各府的具体工作，对应省级和县级各职能部门，进行监督和牵制。在府以下设县，首脑为知县，副职为县丞、衙司、县尉、典吏等，分管各项具体工作；而在县级以下，则设有村镇两级组织机构，也算是最基层的官员了。
确定了行政级别和职能权限后，随后就只需要按照各人的贡献和具体能力予以任命即可。无论是王府的云南老臣，还是在琼州岛时新加入的人员，或者在吕宋时期加入的新人，只要有才能者，基本上各人都有所提升，也算是对这些人多年来矢志效忠王府的回报，这些人也算是王府的骨干人员，是沐剑声的各种计划进行实施的重要力量。当然仅有这些人员是不够的，毕竟王府这几年的扩张速度很快，好在近一两年时间里，大批的人员前来投奔王府，里面的各种人才着实不少，这些人在经过短暂的培训之后，就迅速走上了各个岗位，从而解决了王府的基层人才短缺问题。
眼下沐王府在闽粤两省的内政建设措施，基本上是将以前在琼州和吕宋所推行的各项政策按部就班，予以执行。而在福建这里，由于以前郑经和耿精忠等人所采取的一些措施，尤其是在起事之后，在福建台湾各地的满清势力和顽固势力大部分都被两人予以清剿，后来康亲王所部虽然占领了福建中北部，不过又很快被迫退出，根本就来不及改变这种状况，所以敌对力量十分薄弱，即便是有一些满清的溃兵遁入山林，不过多分散于各处山林茂密险要之处，和外界缺乏联系，物资补给很困难，难以造成大的危害，而这些人一旦露头，立刻会遭到明军的大力追剿，很难生存下去。
不过即便这样，这些残余的武装分子也给王府制造了很多麻烦，不时有敌对分子进行各种破坏活动，随后为了稳固闽粤两省的彻底安宁，保证生存活动的正常进行，巩固根据地的各项建设成果，王府大力展开了针对残敌的清剿，由于有原属天地会人员的大力配合，在沐王府军队和内卫人员的大力清剿下，这些人本身的战斗力也很差，面临这等力度极强的打击，很快所剩无几，最后趋于消亡。
剿灭了这些大大小小的敌对势力之后，闽粤两省的大环境就安稳了很多，社会秩序迅速恢复平静，再加上有了军队保驾护航，王府的各项政策推广实施十分顺利，而这些政策与王府在广东所推行的政策大同小异，主要还是围绕恢复农业民生、增开工厂、加强教育、改善城市环境建设等几个方面来进行。
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