击杀强力使徒雷天使后，NERV暂时失去了三号机。由于在战斗中全身装甲损坏，身体肌肉组织大面积碳化，其维修工作异常复杂，并且耗资惊人。
而且似乎某人不希望三号机那么快就维修好，所以维修进度出奇的慢。
以至于过去了三个月，三号机也才完成百分之五十的修理工作，要想让三号机重新登上战场，至少还要再花费三个月时间才有可能。
这让葛城美里少校这段时间压力倍增。失去了最强大的三号机，只依靠零号机，初号机和二号机，很多战斗都险象环生。
虽然数次催促碇司令赶紧展开对三号机的维修，但是碇司令每次都是以预算超标为由，将葛城美里打了回去！
但其实葛城美里哪里知道，上次的战斗，碇司令连老底都快被云启榨干了。
现在的他手上只剩下那么几个底牌还没有让云启知道，余下的东西早已经被云启全部消化吸收。所以他对云启越来越忌惮，但是偏偏拿这个神秘的人物没有任何办法。
根据MAGI中央电脑的评估，要想干掉这个神秘的适格者，最少需要出动一个加强装甲师，或者派出EVA才有可能。
但是SEELE根本不可能同意这样的计划。这个神秘的人类组织是巴不得碇司令这边越来越好。他们根本不会去管这个神秘人的来历。只要对方能够拖碇源渡的后腿就行。毕竟NERV和SEELE双方根本上就是互相利用关系。而这本身也是仪式的一部分。第十三位圣徒犹大的堕落是必须的！撇过这些活在阴暗中的老头子们狗屁倒灶的事情，此时在MAGI中央电脑机房中，云启找到了大量有趣的资料。
虽然EVA的世界中，人类的总体科技也只是比云启现在的世界高了十多年，但是在军工科技和一些原理不明的黑科技上，EVA的世界甩了现实世界一个珠穆朗玛峰。
在拥有了浏览中央电脑MAGI全部资料的权限后，云启看到了很多不为人知的绝密信息。
例如第二次冲击，官方一直宣称第二次冲击是因为超大型陨石撞击南极洲，造成全球性的自然灾难。
甚至污染了整个地球海域，造成海洋生物大量灭绝。死亡人口超过二十亿！
但实际上，第二次冲击根本就不是什么陨石大碰撞，根据MAGI中央电脑记录的数据显示，第二次冲击是因为人类强行唤醒了第一使徒亚当后造成对方暴走，引起了史无前例的超大型冲击波。
不过这也能够从另外一个侧面看出来，真神级别的存在战斗力实在是爆表，一个沉睡了不知道多少年的第一使徒，仅仅是苏醒的时候吼了一下，就造成了星球级别的灾难，毁灭了半个地球生物圈。
根据第一使徒的战斗力倒推回去，云启发现自己对于真神的实际战斗力还是太过低估了。
真神也是份高下的，像之前遇到的毁灭者文明，对方的真神战斗力顶多只能算低阶神灵。而像第一使徒亚当的战斗力绝对能够媲美高阶神灵。至于真神之上，云启还完全没有概念。
而随后，中央电脑中记录的死海文书副本就引起了云启更大的猜测。
真正的死海文书被SEELE存在了一个绝密位置，现在他们能够看到的都只是影印本。
而SEELE这个神秘的国际性组织就是根据这个死海文书展开了人类补完计划。
根据死海文书的描述，只要消灭了所有使徒，让所有伪生命之果重新回归亚当，就能够诞生真生命果实。而那个时候，亚当也将摆脱使徒的身份，重新还原为最初的形态-真神。而一旦亚当完全苏醒，第二使徒莉莉丝也将回归。其原因就像圣经里所描述的一样，莉莉丝是用亚当的肋骨创造出来的，是亚当的一部分。亚当的苏醒必将让莉莉丝也苏醒过来。
至于人类补完计划则是为了让人类全体回归第二使徒莉莉丝。也就是说人类补完计划根本不是拯救人类，而是让人类去死！
当云启看到这个SEELE自导自演的计划后，不得不佩服这些疯子。想要自杀也不用拉上全人类吧，这跟宗教疯子有什么差别。
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