陕西行都司位于河西走廊中段，治所甘州卫，领十二卫，四守御千户所，距陕西承宣布政使司二千六百四十五里，隶属于右军都督府。
这些是崇正朝以前对于陕西行都司的官方记载，但是，自崇正朝以来，特别是自孙传庭镇守西北以来，陕西行都司管辖的卫所已经远不止这些。
自崇正十一年起，孙传庭开始驻守西北，并按朱慈炅的指示，不断向西扩张，一路收复了赤斤蒙古卫、沙州卫、罕东卫、哈密卫等羁縻卫所，使陕西行都司的辖区扩大了将近一倍。
要说哈密卫、赤斤蒙古卫、罕东卫等卫所当初其实并不是陕西行都司下属的卫所，而是由大明指定的番王驻守的羁縻卫所，也就是地方军政都由归顺大明的番王掌控，有点类似于土司性质。
哈密卫等地一开始其实是由大明册封的忠顺王管辖，这忠顺王一系源自蒙元时期的察合台汗国，大明永乐二年，驻守在哈密的察合台汗国威武王安克帖木儿归顺大明，被诏封为忠顺王，自此忠顺王一系就一直为大明驻守西北门户哈密卫，一直延续了十一代。
到正德年间，大明国势日衰，哈密卫被临近的吐蕃汗所据，而后几经得失，许多大臣都因哈密卫得而复失受牵连，被诛杀，后面渐渐无人敢再问哈密卫之事，明军从此全面退守嘉峪关。
直到崇正十一年，孙传庭负责镇守西北，明军才开始再次踏足嘉峪关外。
此时，吐蕃早已被察合台汗国给灭了，察合台汗国也被瓦刺的和硕特部和绰噶尔部联合起来给灭了，盘踞在哈密卫等地的其实是察合台汗国的一些残余势力，收拾起来并不怎么费手脚。
固始汗之所以一直没有进攻哈密卫，是因为哈密卫从永乐年间开始就是大明的领土了，他怕冒然去进攻会引起大明的报复，那时候新帐老账一起算，他可扛不住。
瓦刺部不敢来，正好便宜了孙传庭，盘踞在哈密卫等地的察合台汗国余部就是无根之萍，怎么敢对抗大明天军，他们选择了和先祖威武王安克帖木儿一样的策略：投降大明！
不过，这次大明可没有那么客气了，朱慈炅并没有诏封他们的首领为王，哈密卫等地也不再由他们自治，而是直接划入陕西行都司，由孙传庭掌管。
此时，秦军的总部已经由西安府迁至甘州卫，整个陕西行都司的军政大权，全部由孙传庭接管，他手下不但有十万秦军，还有领有十八个卫所，四个守御千户所大约十万屯卫，兵力之盛，可谓冠绝整个大明所有军团。
当然，他肩上的担子也不轻，整个西北地区现在可就剩下他这一路大军了，他不但要负责抵御蒙元瓦刺部的入侵，还要负责震慑西北各地的土司势力，还好鞑靼被征服以后漠南变成了大明的一个行省，不然，他又要防守西边，又要震慑南部，还要提防北方，非得忙死不可。
自孙传庭镇守西北以来，陕西行都司的变化可谓翻天覆地。
这里面最大的变化当属西北铁路的建设，在他和陈子龙的共同努力下，西北铁路已经从西安府通到了嘉峪关。
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