在地球联合理事会ED远征舰队副指挥官，阿列克谢.斯图科夫上将被萨米尔.杜兰枪杀为国捐躯后，杰拉德.杜格尔指挥着部队保护住了对付虫族的希望——灵能干扰器，并在两个星期后，率领远征军主力部队对异虫在科普鲁星区的主巢群行星查尔发动了猛烈的进攻，不计其数的异虫大军虽然拼死抵抗，但由于行星布莱克西斯上灵能干扰器的作用，由脑虫达格斯和部分未知脑虫融合的新生主宰，再也无法控制整个虫族，虫群四分五裂，ED远征军异常轻松便占领了查尔，用大量的麻醉剂和灵能科技仪器捕获了新生主宰，自此，地球联邦政府制定的黑旗计划才算是有了个良好的开端。
杰拉德.杜格尔在查尔行星上与刀锋女皇凯瑞甘有过短暂的接触，双方发生了战斗，摄于ED庞大的舰队，虫群最终退却了。
远征军舰队在行星查尔高空轨道，为阿列克谢.斯图科夫上将举行了隆重的葬礼，并按照他生前的愿望，将遗体投入了无边无际的浩瀚星海之中，但没人知道，一头名为卡洛斯的脑虫悄声无息的得到了这具尸体。
恐惧于地球联合理事会ED远征军的现状，反抗军首领吉姆.雷诺的游骑兵、星灵神族执行长菲尼克斯的裁决者卫队、阿克托尔斯.蒙斯克的泰伦帝国残军，以及刀锋女王凯瑞甘的虫群暂时联合起来，在精密的布置下，偷袭了行星布莱克西斯，井然有序地占领了这颗冰封行星，摧毁了幽能干扰器，并且在凯瑞甘的授意下，使用有泰伦帝国提供的幽能发射器来唤醒野生异虫，激活主导意识，就这样刀锋女王的势力越来越大。
紧接着，联军再度动身，在ED远征军主力部队无法回防的情况下，率领部队进攻了克哈星系，并在神族执行长菲尼克斯和吉姆.雷诺的配合下，以迅猛的速度拿下了泰伦帝国首都行星克哈五号星，ED的守军遭受了前所未有的重创，这次的滑铁卢标志着地球联邦在科普鲁星区的霸权已经不复存在。
科普鲁星区，暗影之星——夏库拉斯，这里是黑暗圣堂武士的家园，行星表面上充满了漆黑的岩石和一望无际的沙漠，气候相对比较恶劣，因为附近的恒星演变成黑太阳的原因，导致这里被固定在永恒的黄昏状态中，光线很暗，但却有白天和黑夜的明显差异，与普罗托斯神族的母星艾尔相比，夏库拉斯毫无植被可言，除了孕育了一种被称为卡卡鲁的翼龙飞行生物外，没有任何的动物。
历史追溯到伟大的先知卡斯发明了卡拉之道，启蒙了普罗托斯神族，并且结束内乱之后，大部分的神族部落都团结在了卡拉之下，但是有一小部分不肯听从卡拉的教诲，亚顿，一位年轻的战士，在最高评议会的命令下，带领部队肃清这些被神遗忘的种族，但亚顿心地善良，不忍残害同胞，反而想要教导他们使用精神力量，并且刻意隐瞒了消息，让这些背弃卡拉之道的神民隐藏起来，但遗憾的是，这些神民没有卡拉之道的缓和，无法控制自身的力量，强大的心灵风暴席卷了整个艾尔，最高评议会联合了八位强大的高阶圣堂武士才勉强将灾难化解，亚顿也在阻挡议会与被遗弃子民的战斗中壮烈牺牲，得到了升华。
因为这样，“黑暗”的圣堂武士被送进了一艘萨尔纳加人的货船，从艾尔流放了，他们流浪了几百年，找到了很多行星，但都没有停留，直到最终他们找到了一个合适的地方——这里有造物主萨尔纳加的足迹，使得黑暗圣堂武士留了下来，严酷的环境下，黑暗圣堂武士们不得不改变自己的生理习性来适应这个世界，长久以来便与卡拉星灵神族越来越不同。
主宰率领虫群入侵艾尔后，卡拉星灵的残余部队在塔萨达尔和泽拉图的带领下，被迫离开了满目疮痍的家园，撤退到了暗影之星夏库拉斯，在女族长拉什加尔的首肯下，黑暗圣堂武士最终还是收留了这些受难者，并且迅速的整合同盟，但阿尔达瑞斯发动的叛乱，让神族再次元气大伤，两族互相之间的不信任日益剧增，为了能够填平这段沟壑，泽拉图和塔萨达尔联手寻找凯达琳水晶和乌拉尔水晶启动萨尔那加神殿，清空了夏库拉斯上的虫群。
与此同时，黑暗圣堂武士首都塔拉玛塔苏斯，城市中心地带祷告神殿内部大厅突然光芒连闪，虚空色的光晕瞬间形成了一个直径二十米左右的能量时空门，少量的卡拉星灵圣堂武士与黑暗圣堂武士从里面快步走了出来，迅速的在神像前方的空地处集结完毕，他们正是从夏库拉斯出发前往艾尔进行援救工作的搜寻小队，除了部分相对比较完整的个体，大部分的战士都显得伤痕累累，有的卡拉星灵狂热者身上的能量铠甲甚至只剩下小碎块，黑暗圣堂武士身上则沾染着蓝色的血迹。
由于感受到了神殿内部的动静，负责守卫的黑暗圣堂武士飞快的奔了进来，便被眼前的景象惊呆了，他们除了愣在原地外，没有任何作为，与原定计划中，搜索队从外太空返回不同，居然凭空出现在首都城市的内部，简直太让吃惊了。
“赞美卡拉！这实在太神奇了！”一个豪爽的声音突然从响彻了神殿大厅，身穿金色能量铠甲、佩戴蓝色披风的执行官亚坦尼斯，从能量时空门中走了出来，饶有兴趣的打量着四周，并且友善的朝负责守卫的黑暗圣堂武士笑了笑。
“我非常赞同你的想法！能够将镜像位移的精准度使用到这种程度，已经远远超过了我们所拥有的技术了！”紧接着，泽拉图也跟了出来，与平常的沉稳不同，他显得异常兴奋，如同枯叶般的声音就像是点缀了某种绿色生命似得。
“长者，您过奖了，这并不算什么。”银白色的身影毫无征兆的出现在大厅中央，负责守卫的黑暗圣堂武士露出了震惊的神色，立刻伸出单臂幽能光刃，进入了戒备状态，因为如果不是视觉捕捉，此人的出现连丝毫的能量波动都没有，只有两个解释，第一，对方极为弱小，所以无法产生能量波动，第二，对方极为强大，可以瞒过所有守卫者的感知，前者显然不太可能，但如果是后者，那将是极度危险的存在。
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