拉维扎列斯总督以消灭林风海盗团伙为诱饵，试图叩开大明帝国海关的大门，尝试了半年毫无结果，但基本上摸清了明朝的态度，明帝国并无海外拓疆的野心，对于盘踞在吕宋的海盗睁只眼、闭只眼，只要他们不再侵扰大陆沿海，也就随他去了。
但盘踞在玳瑁港的林风集团，对马尼拉当局来说，确实是一个极大的威胁，因此，拉维扎列斯总督逐渐失去了耐心。
林风集团在玳瑁港安顿下来之后，精准地把握住了马尼拉当局和朝廷的脉搏，经玳瑁港的华人神父从中调解，赢得了休养生息的机会，在罗阿敏的带领下，逃难的众乡亲励精图治、苦心经营，与当地人和睦相处，仅用了半年多的时间，就把这座荒凉的海湾，变成了一座繁华的港口。
由于隆庆年间明朝放开了海禁，尽管对商船的总体规模加以限制，但商人们可以在国内自由贸易，因此人心思变，没人轻易去当海盗，林风很难在大陆沿海招兵买马，为了和西洋人对抗，他一方面要挟朝廷，想恢复其锦衣卫的身份，以便名正言顺地扩张队伍，试图在赶走西洋人之后，让朝廷封他为吕宋总督，但他自己也十分清楚，这个愿望是很难实现的。
另一方面，林风始终没有放弃联合猴子秀吉，刚刚立足玳瑁港，迫于罗阿敏的压力，决定释放许灵儿、马五夫妇及林邵琦等人，派遣李成怀和蔡德以护送许灵儿为名回国，想借此机会要挟庞尚鹏；与此同时，暗中派心腹之人前往日本，准备出重金收买日本浪人，组建一支庞大的舰队前来支援，再次攻打马尼拉。
在福建漳州月港，林风的阴谋被许灵儿所识破，抓了七澳主李成怀和九澳主蔡德，歼灭了那些倭寇水手，切断了林风与倭寇之间的联系，许灵儿知道，玳瑁港的将士多是因为被倭寇毁掉家园，而被迫落草为寇，马志善、李成怀和蔡德等人也不例外，故此，她对两个被抓的澳主晓以大义，释放他们返回了玳瑁港。
李成怀和蔡德回来后，暗中在玳瑁港展开了一场清洗，以至于大家谈“倭”色变。但林风仍没有放弃收买浪人的打算，当传教士马克再次来到玳瑁港时，他企图收买马克帮他往日本送信，遭到了拒绝，这时，织田信长已经和西门阿尔梅达神父之间，达成了长期购买火绳枪的协议。
由于织田信长付不起现款，这份协议遭到了堺町众合会的排斥，没人愿意接手这宗生意，尽管小西隆佐很主动，但织田信长对他信不过，况且小西隆佐对南洋、琉球等地也不熟，迫于无奈，西门阿尔梅达神父把弟子马克召回了马尼拉，委派他来负责。
马克在第二次往日本贩运火绳枪时，在钓鱼列岛附近，被台湾驻军守将冯安所抓获，他主动投降，没有对外传递任何消息，因此，无论是织田信长、羽柴秀吉、还是堺町众合会及马尼拉当局，都不知道马克失踪的真正原因。
为了调查事件的真相，堺町众合会长老派修女露易丝前往马尼拉，猴子秀吉在众合会的代理人小西隆佐，及时抓住了机会，暗中找到了露易丝，花重金请她帮忙寻找林风。
在郭奕和许灵儿抵达玳瑁港之前不久，露易丝以修女的身份从马尼拉而来，受到了神父的热情接待，她暗中联络到了林风，并被其传奇经历及“雄心壮志”所吸引，二人一见如故，如干柴烈火般的就好上了，于是，林风趁热打铁，表示将来占领吕宋之后，让她成为总督夫人，致使这个天真的露易丝，恨不得为其赴汤蹈火而在所不惜。
但林风万没有想到，通过露易丝传递的这封书信，会落在佩雷斯大主教之手。
得知林风企图引日本浪人前来攻打马尼拉，马尼拉当局的容忍终于到了极限，恰巧这时平息了民都洛岛的暴动，又获悉明朝派使者去了玳瑁港，尽管拉维扎列斯总督对明朝使者不摸底，但坚信他们不可能帮助海盗，正好可以借剪除林风之机，给明朝一个下马威，因此，让腾出手来的撒施洛将军，立刻集结群岛各地的武装力量，要一举剿灭玳瑁港。
一场激烈的海上遭遇战，让西洋人领教了明军海上巨无霸的厉害，马尼拉当局的海上行动失败后，马上组织一支近两千人的陆军，沿着仁牙因河攻打玳瑁港，遭到李成怀所部及二百名明军精锐的伏击，最不可思议的是，殖民军打下玳瑁港之后，居然还是中了林风之计，导致西班牙军人全军覆没，撒施洛将军到死也没想明白，明朝使者的超级战舰为何会支持林风？
撒施洛将军死后，拉维扎列斯总督开始慌了，正在宿务岛围剿尼德兰海上乞丐游击队的费尔南多将军，被紧急召回马尼拉。
此时，马尼拉近乎是一座空城，林风当然不会放弃这个机会，当他对玳瑁港的神父一番忏悔之后，表示要遣散自己的队伍，暗中却把这五百名士兵，分成了五十个小分队，通过李瑞奇饲养的信鸽来联络，化整为零、分头开赴马尼拉。
西班牙人占据了马尼拉之后，在苏莱曼原来城堡的基础上，扩建了高墙城池，被称为“王城”，根据西班牙的法律规定，唯有合法的”白种人”（西班牙语：)，才能在王城区内居住。
“白种人”包括西班牙裔菲律宾人（在菲律宾出生的西班牙人），半岛西班牙人（在西班牙出生的西班牙人），西班牙-马来裔-汉人混血儿（西班牙语：trntrás）和西班牙-马来裔混血儿（西班牙语：estizs）。
法律之外，还有约定成俗的种族歧视：男“白种人”可以和非白种女人结婚；对于女“白种人”，决不允许嫁给非白种人，但凡和男西班牙人结婚的非白种女人，她们就自动合法地被归为“白种人”，自然，她们也可以和丈夫居住在王城区内。
但无论是什么人，也离不开务农、打渔、搬运、缝纫、餐饮、工匠等生计，从事这些生计的大多数是华人，因此，马尼拉城离开了华人，基本上就无法运行，当然，殖民者也无法过上舒适的生活。
因此，殖民当局迫于无奈，允许华人因工作的原因进入王城区，但必须得在日落时分，回到他们在王城区外的宾诺多（Bind）社区的居所。
这就给了林风等人可乘之机，短短几天的时间，就有近百人混进了王城，正当他们准备里应外合暴动之际，费尔南多将军已经把宿务岛的军队，全部调回了马尼拉，为了防止不测之祸，采取了一刀切的措施，把务工的华人、华侨全部清理出宾诺多。
林风的小分队当然都在被清理之列，在没有充分把握的情况下，这支近百人的武装仓促起义，虽然赢得了不少当地土著人的支持，最终以失败而告终，全部遭到了屠杀。
这次暴动再次激怒了马尼拉当局，于是，拉维扎列斯总督下达命令，在所有的村庄、街市、客栈、酒坊、港口码头等地，到处抓捕华人、华侨，连过往的商船也不放过。
当时，马尼拉当局使用一种叫做雷阿尔的银币，而明朝则使用银锭，银币无法流通，因此，无论是商人、还是海盗，前往明朝做买卖都得进行兑换，但官方的兑换价格极不合理，基本上全是私下交易，暗中从事这项兑换业务的，正是费尔南多将军及手下的将士，因此，拉维扎列斯总督灭绝华人、华侨的命令，在执行当中打了很大的折扣。
这又给了林风集团可乘之机，以兑换银元为诱饵，精心设计作战方案，杀掉不少贪财的西班牙士兵，连续打了十几个漂亮的大胜仗，让马尼拉当局极为震惊。
费尔南多将军手下的士兵本来就不多，对于本地土著武装的力量又信不过，迫不得已，他只好放下身段，主动与尼德兰“海上乞丐游击队”媾和，企图利用这支武装力量来对付林风。
（尼德兰，荷兰语“低地”的意思，包括现在的荷兰、比利时等国。）
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