浅层原理就是潜意识可以完成一个粗糙闹钟的功能。
深层原理现在都在研究中，潜意识这部分就像地球的深海一样，我们了解得太少了。
下面是我的理解：
默念是对自己的心理暗示，实际上”心理暗示“就是通过意识来给潜意识植入一段内容，这个内容可以是一个概念、一种情绪、一种反应甚至是一段虚假的回忆。总之潜意识对于我们来说是一个无限容量的暗箱，我们放入不同的东西，它就会吐出另一个东西，至于里面进行了什么操作不知道，但目前可以从暗箱的输入和输出来总结大致的规律。
具体到题主的例子，在默念几点起床后，显意识往潜意识里植入了一个，这个在意识已经休眠后仍持续工作，直到结束了，潜意识会唤醒意识，这时人就会自然醒来。意识在进入非快速眼动睡眠期1（NREM1）的时候就开始休眠了，而潜意识在一定程度上一直工作着。
至于是用的哪里的，这个就有分歧了。目前研究发现，人对时间的感知分三类：
1.生理节律idinrhyth）
一个循环是大约24.5小时。这是细胞级别的时钟，每个器官的细胞都有这么一个24小时的分时钟。即使在全黑环境下，人体也会按此循环运行，即醒后12小时会困，12小时后又会自然醒。这种时钟在大脑里还有一个总时钟，用来同步其他各器官的分时钟。它存在于视交叉上核（,r），是下丘脑（）的一部分。
视交叉上核的总时钟每天收到外来刺激而得到校准，从而与各个器官的分时钟同步。如果人生活在小黑屋若干天后，TA的生理时钟就会与真实时间产生偏差，可能是每天0.5小时这样。所以，正常人每天睁眼醒来的时候，生理节律已经被校准过一次了。
校准的途径有几种：光线。当受到光线照射时生理节律会被重置到早上。褪黑素。视交叉上核会接受松果体产生的褪黑素（），根据褪黑素浓度调节节律。饮食。这个是反例，因为过晚和过早的饮食都会影响原本的节律。比如睡前吃东西，胰脏刚收到总时钟准备休息的指令，这时还要被迫工作，开始分泌胰岛素，导致胰脏这部分时钟同步失败。而早上提前吃东西则有助于校准总时钟，比如倒时差时在新时区8醒来吃东西有助于新生物钟的建立。
2.毫秒级时钟（tiing）
判断一秒钟内的时间长短。
3.间隔时钟（intervltiing）
用来比较、判断两段时间流逝哪个长，比如洗澡后，预估自己用了10分钟、15分钟或者30分钟。
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