接下来几天里，仇天行抽了空好好地陪了自己的妻子和孩子几天。只是如今团部刚刚落脚江南，内有不甘丢失土地的地主缙绅们屡屡反扑，外有鞑子在苏州府、安庆府的数万大军虎视眈眈。仇天行作为一方势力的首领着实没有多余的时间可供挥霍。于是，即使是再不情愿，仇天行也必须投入工作之中。
虽然如今内政军事外交等多项工作要处理，但是最重中之重的还是军事方面。总部拥有的四个营的人马如今都由仇天行一人负责，这极大的增加了他的负担。毕竟首领不仅仅将精力放在军事上，民政外交也很重要。所以，仇天行有了设立军政部的想法。只是军政部最高首长也就是部长，如今诸营营长级别和部长等同，所以在级别上军政部部长无法压制住各营营长。二来，仇天行必须要将军权牢牢掌握在自己手中，所以若是仇天行兼任了部长，那么副部长人选就难了。提拔资历浅的恐怕难以服众，提拔资历深的，可资历深的大多都是正营了，那又变成了降职。
苦思冥想下，仇天行绝对在军政部上再设立一个军事委员会的机构，军政部配合军事委员会的工作，军事委员会最高领导是委员长，这一职位由仇天行自己本人兼任。一想到委员长这个名字，仇天行的心狠狠的抽搐了一下。虽然有些抗拒，但是仇天行想了半天后觉得这个名字才是最适合的。因为保安团要集思广益集纳众人力量，所以仇天行设立了委员会，一些军政干部都有了委员的身份，这对团部向外放诸营施加影响很有帮助。只是一直以来委员会都没有一个明确的最高领导的职衔，如今仇天行将委员会的最高领导命名为委员长，这对提高仇天行自己的地位是很有帮助的。
在仇天行的设想下，保安团军事委员会有了一名委员长，八名委员和八名候补委员。委员长即是仇天行本人，八名委员分别为近卫营营长周朝忠、一营营长陈晨、二营营长孙治、三营营长张连生、四营营长李太平、五营营长张承武、六营营长叶苏、七营营长倪战，八名候补委员就是各营的训导官，即为近卫营训导官张应、一营训导官王大有（因为战功由陈晨向团部申请提拔）、二营训导官马麟、三营训导官徐成、四营训导官梅仁信、五营训导官韩阿大、六营训导官唐成斌、七营训导官王延喜。整个军事委员会共有十七人。
之前民政部部长周震、政宣部部长刘进财、治安部部长章壮成也是委员会的委员。如今仇天行想要军政分家，自然得要将他们踢出去了。
虽然仇天行也心慕古代的官员们上马管军下马管民，百姓们拿起刀枪可以作战，握住锄头可以种地。那时的中国就是最强大的时代。可是仇天行也知道军政分离是主流，如今各州府的军职代管民政只是过渡而已。现今大别山军事学院和大别山政法学院也迁来了金陵，自然今后将能为团部培养出源源不断的干部和军官了。当然，它们的名字也即将换成金陵军事学院和金陵政法学院。
除去成立军事委员会和设立军政部这一部门外，仇天行还要改革军队的编制。以往编制有些权责不清，缺少一些专业的兵种，如探马、炊事兵等，这些兵种都是由普通团丁兼任。如今仇天行想将他们独立出来。
在仇天行的设想中，最基础的单位还是伍，一伍五人，其中正副伍长各一人。
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