保安团早在二月就开始整军了。这次整军与以往不同，现在的保安团人才济济。甚至建立了一个小规模军校。
几个伤残比较严重的科班出身军官做了教员，分别设立了步兵科和炮兵科，以及单一武器的培训班七个。
单一武器的培训班最受战士欢迎，都是伤残老兵讲解作战中最实用的武器使用技巧，非常有用。这些老兵把战场生存的技巧和拼命的经验一一灌输给了这些农民战士，使得士兵的作战技巧提高非常快。这些鲜血得来的经验非常实用，为战士的战场生存提供了极大帮助。
经过三个月训练的新兵，全部被编入了保安团。到了五月总人数达到了八千人，编制为四个团一个营。
这次整军编练对保安团以及以后几年的发展影响巨大，除了火力人数编制的定制之外，最大的改变是在连队中设置了文书参军－－简称文书。其主要的任务是为战士做思想工作，帮战士写写家书，缓解战场压力，同时还兼任了连队的战功评比和后勤服务甚至还有记者的功能。而这种功能暂时没有什么政C治目的，只是为了提高部队战斗力。宣传材料以历史上的爱国事迹以及民族和国家的灿烂文化宣传为主，同时也负责军纪宣讲。
最早定下来的是步兵连的装备人数。郑中原对于火力追求是永无止境，但是这次南京之战，发现了很多问题。所以这次重新编制了步兵的装备，使得编制更加适合目前的战场，加上手扶拖拉机的装备在即，综合了保安团里一干有作战经验的军官的建议，最终定下了连排班的编制。
而其核心的思想是，连排班的兵力和火力全部要超过日军的中队小队班。另外一个考虑是,一个班的所有武器装备和打一场高强度仗的弹药要全部装到一辆拖拉机上。
最终定下来，步兵连的人数还是252个人，每个连四个排，每个排四个班，每个班十五人。
连部组成一共十二个人，连长排长以及连队文书卫生员通信兵以及一个步兵炮小组。（随着步兵炮的生产正常未来的战斗岁月中最终配置两个步兵炮小组）
步兵班十五个人包含两个步枪手，十个冲锋枪手，一挺轻机枪（两个人）一个手炮小组(一门小手炮两个人，另外步兵也可以帮他们带几发榴弹。)
而每个排的四个班中有一个火力支援班，拥有两挺重机枪两门60迫击炮。
这样的编制在不远的未来，一个连需要装备十八到二十辆手扶拖拉机，才能发挥出最佳机动力。山区战斗的话也需要三十匹到八十匹骡马。
历史证明，这个编制非常合理，一直延续到了抗日战争结束。其最大的特点是，一个排可以对抗日军一个小队。一个连的火力可以完全压制日军一个步兵中队。
日军的一个步兵中队只有九挺轻机枪和九门掷弹筒，其余的全是步兵，两百人左右,作战的时候经常有配置重机枪和迫击炮作为火力支援。
而保安团现在的一个连，轻机枪十二挺，掷弹筒十二门，两挺重机枪和两门迫击炮。冲锋枪的配备更是绝对压倒了日军的38步枪。仅仅计算火力的话，一个连的火力已经接近日军两个中队。
而营级的编制，除了三个步兵连之外有一个专门的炮排，六挺重机枪，四门步兵炮和两门80MM迫击炮，（两门37MM步兵炮和两门70MM口径的92步兵炮），作战的时候可以根据战场情况随时提供火力支援。战士们把这种编制成为三加一。(三个连加一个炮排)
日军一个大队拥有四个步兵中队，一个辎重中队－－110人，一个机枪中队－－－十二挺重机枪174人和一个炮兵小队－－五十五人四门步兵炮。合计1100人。
从中可以看出，保安团营级的配置不如日军一个大队，但重火力占据微弱的优势，炮排人数不多但由于拖拉机的加入，总体火力不少。假如训练和日军一样的话，对抗中并不会落在下风。
团级编制也是典型的三加一配置。也叫十连制。
三个步兵团都拥有三个营九个步兵连。为了提高炮兵的火力，特设了一个专业的炮连，人数只有一百五十人，装备了100毫米重迫击炮十六门，配置十六辆手扶拖拉机。团部配备一个六人的参谋和文书通讯员侦查排等合计六十人。合计全团两千六百人。（编制如此，但一直到了五月参战，人数还没有完全补充够）
保安团的整体编制为一个旅，也是采用了三加一的配置。三个步兵团，分别是：
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