学园都市是面积占据东京都西部的三分之一的都市，居住着230万人口，其中八成（180万）以上是学生，科学势力的代表。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔·克劳力花费50年的时间创建，由「统括理事会」全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level0）、低能力者（Level1）、异能力者（Level2）、强能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为Level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者。
学园都市内不存在警察，只有风纪委员（Jdgeent）和教师自愿参与的警备员（Anti－Skill）维护治安。
然而在这个外表光鲜亮丽的都市里，存在着令人恐惧的黑暗...
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一间略微昏暗的大型实验室里，正在进行着不为人知的实验。
实验室里很暗，暗的可怕，黑暗中只是凭借着一台巨大的电脑屏幕所散发出来的微弱的光、光照亮大部分黑暗.......
实验室里很忙碌，不知道在进行什么实验，然而在一台巨大的屏幕边上，一个身穿白色的科学长袍，咖啡色的长裤，一头不算长也不算短的金色的头发，脸左半部有刺青，貌似是个科学家的男子，但是更加像个不良，然而这个男子面带着少许疯狂的神色，手指正快速的敲打着面前的键盘...
“呵呵...哈哈哈！！快了...我快成功了...啊哈哈！”面色狰狞，金发男子，嘴角狂笑不停，时不时的滴下几滴从嘴角流下的唾液。
“木原阁下！实验进行到了最后时刻！请指示。”一名全身武装的男人抱着一把枪支武器，站在金发男子的身后报告道。
“闭嘴！我的事你少插手！”
“是！...”
被金发男子吓到的武装男子，十分惊慌的敬了一个礼慢慢退下。
“呵呵...我就要成功了！啊哈哈！真是太完美了！”停止手上的动作，金发男子，一步一步的退后，边退边扭头看向在基地正中央的一个巨大的容器内的生物...
容器中充满了不明的绿色液体，时不时的冒出几个气泡，显得是那样的诡异，而容器内的生物，是一个人类，总体而言是个孩子，一个男孩子...
赤裸着身体，男孩漂浮在溶液里，白色的秀发在溶液里漂浮着，男孩的身体很消瘦，身上的骨骼可以清晰的观看清楚，精美的锁骨，头微微的下低，紧闭着双眼，双手环抱着身体，腿部微微的弯曲，看身材的高度和脸上明显没有消失的稚嫩，可以准确的推断出男孩的年龄大约在十岁左右，然而像他这样大的孩子在外界应该还是每天时不时的趴在父母的怀里撒娇的孩子，像他这样的年纪还只是正在学校里上学的孩子，与新认识的朋友们游玩的孩子...然而现在，他只能躺在冰冷的培养液里接受那些令人恐惧的实验...
“呵呵！啊哈哈...”金发男子有些疯狂的看着面前的容器里的男孩，现在他的心情很纠结，既有恨意，也有喜爱...恨是，这个孩子与那个自己痛恨的家伙有着如出一辙的面容，喜爱是因为马上就要有个最完美的试验品要在自己的手中诞生了...
“嗯哼哼！哈哈啊哈！快了...我就要成功了！”疯狂的笑过后，金发男子，慌忙的跑回电脑屏幕前，手开始快速的点击着...
“YFTX0001实验个体，即将完成，是否输入实验题编号。”
一阵生硬的电子合音的系统声传来，金发男子微微的顿了顿，随后大吼道：“命名代号为“多方通行””
“是，系统传送中...请稍等...传送完毕。”
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