阿特金森和他带领的团队对施乐的技术做了重大改进，实现了窗口的重叠，让页面可以平滑地滚动，也改善了鼠标的性能。但史蒂夫却管理不善，主要是因为他没能为团队建立一个统一的目标，他的关注点完全不在企业用户上。当项目不可避免地陷入僵局时，史蒂夫总是暴跳如雷，大声斥责团队成员，威胁要让沃兹加入这个团队，因为沃兹总能又快又好地完成任务。斯科特试图帮史蒂夫一把，他请来了施乐的骨干研究员拉里·泰斯勒（Larry Tesler）及其团队，希望把丽萨项目拉回正轨。斯科特对丽萨电脑寄予了厚望，希望苹果能凭借丽萨打入至关重要的企业市场，然而，在泰斯勒入职两个月后，斯科特却发现项目依然进展缓慢、混乱不堪，而且成本高昂。
1980年秋天，在执掌丽萨团队9个月后，史蒂夫被斯科特踢出了团队，斯科特把管理权交给了前惠普高级工程师约翰·库奇（John Couch）。在带领团队向企业市场进发的路上，史蒂夫已经连续两次败下阵来，尽管越来越多的电脑公司对企业市场趋之若鹜，史蒂夫却不为所动。
史蒂夫一直处理不好与权威之间的关系，管理不好大型团队，无法适应实力不如自己的老板，这一切导致了项目的失败。Apple III就是一场灾难，它直到1980年5月才问世，比预想的晚了一年；其售价为4340美元，比预想的贵了一倍。很多客户用了几周后，发现机器由于过热导致无法正常运转，纷纷要求退货。有些情况下，主板的温度过高甚至使焊接材料融化了，导致芯片移位。（其实，铝制底盘的散热效果还不错，主要问题在于主板上的元件靠得太近了。）“向后兼容”问题并没有彻底得到解决，能在Apple III上应用的软件很少，就算机器没有因为过热而出问题，其实也没什么太大的用处。Apple III在商业上彻头彻尾地失败了，在1984年退市前，一共只卖出12万台，而这段时间里，Apple II的销量将近200万台。
让公司回到正轨的压力都落在了斯科特身上，苹果的上市更加剧了他的压力。史蒂夫一而再，再而三地触怒老板，他出言羞辱斯科特试图拉拢的供应商；无休无止地在公共场合抱怨一些小事，比如工作台的颜色；总是因为一些吹毛求疵的细节而扰乱斯科特制订的生产计划。两次失败并没有让史蒂夫有所收敛，反而让他对斯科特更加反感，斯科特需要平衡公司几千名员工的利益和诉求，但史蒂夫不愿意妥协，一旦斯科特做出的最终决定不是他想要的，他必然会跟斯科特翻脸。公司员工把两人之间的争吵戏称为“斯科特的战争”。
难搞的史蒂夫只是斯科特面临的众多难题之一，公司需要一位强有力的领导者，斯科特却在重压之下逐渐感到力不从心，而且身体状况欠佳。终于他在1981年3月的一次全员大会上宣布了裁员的决定，以消除盲目扩张产生的不良影响，这次会议上，他还当众承认当苹果的老板一点意思都没有。
这次会议后不久，董事会决定让斯科特离职。走之前，斯科特写了一封信攻击公司的企业文化，称公司里充斥着伪君子、唯唯诺诺的应声虫和谋求扩张的“帝国缔造者”，当然他自己也要为如此分裂的企业文化承担一定的责任。史蒂夫知道，在苹果从新创企业向成熟公司转变的过程中，斯科特肩上的担子最为沉重。斯科特离职后，据说史蒂夫感到十分内疚，他曾说，“我很害怕接到电话，说斯科特自杀了。”
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