依照传自同一祖先的物种在性状上增多及慢慢分歧的原理，而且依照它们通过遗传保留一些相同性状的事实，我们便可以知道为什么同一科或更高级的群的成员都经由十分复杂的辐射形的亲缘关系互相联系在一起。由于通过灭绝而分裂成不同群与亚群的全部科的共同祖先，将会通过不一样的方式以及不同程度的变化，遗传若干性状给全部物种；结果它们将经由各种长度不一的迂回的亲缘关系线（就像在常常提起的那个图解中所看到的）互相关联起来，通过很多祖先而上升。因为，甚至依靠系统树的帮助也很难显示任何古代贵族家庭的很多亲属之间的血统关系，并且不借助此种帮助又基本上无法示明那种关系，因而我们就可以理解下述情况：在同一个大的自然纲里博物学者们已经发现很多现存成员与灭绝成员之间有各种各样的亲缘关系，可是缺乏图解的帮助，想要揭述此类关系，是十分困难的。
灭绝，就像我们在第四章里所了解的，在束缚与扩大每一纲中某些群之间的距离产生着重要的作用。如此，我们便可按照下述信念来说明整个纲互相界限分明的缘由，比方说鸟类与全部别的脊椎动物的界限。此信念即，很多古代生物类型已彻底消灭，但鸟类的早期祖先与当时相对不分化的别的脊椎动物被这些类型的远祖联系在一起，但是一度曾把鱼类与两栖类相连接的生物类型的灭绝就要少得多。在某一些纲中，灭绝得更少，比方说甲壳类，因为，最相异的类型仍旧能经由一条长的而只是部分断落的亲缘关系的连锁相连接。灭绝仅能分明群的界限：它绝对没有办法制造群，因为，倘若一度在这个地球上生活过的各个类型都一下子再一次出现，尽管无法给每一群以清晰的界限，作为区分，某个自然的分类，又或是至少一个自然的排列，依然属可能。
我们参阅图解，就能理解此点：从A至L能够代表志留纪时期的十一个属，其中若干已经产生出变异了的后代的大群，它们的任何枝和亚枝的连锁目前依然存在，这些连锁与之现存变种之间的连锁并非更多。在此情况下，就相当不可能下一定义区别几个群的某些成员与其更加直接的祖先与后代。不过图解上的排列还是有效的，而且还是自然的；因为依照遗传的原理，比如，全部从A传下来的类型都具有若干共同点，就像在一棵树上我们可以区分出这一枝与那一枝，尽管在实际的分叉上，那两枝相连接而且相融合。依我说过的，我们不可以划清某些群的界限；然而我们却可以选出代表任何群的大部分性状的模式或类型，无论那群是大或是小，这样，对于它们之间的不一样的价值就给予了一般的概念。假如我们以前成功地搜集了曾在全部时间与空间栖息过的所有纲的一切类型，这便是我们应该依照的方法。当然，我们永远没法完成这般全面的搜集，尽管这样，在一些纲里我们正朝着此目标进行；最近爱德华兹在一篇写得非常好的论文里强调运用模式的极端重要性，无论我们是否可以把这些模式所隶属的群互相分开，并划定界限。
最后，我们已看到随生存斗争而来的、而且基本上不可避免地在一切亲种的后代中导致灭绝及性状分歧的自然选择，解释了任何生物的亲缘关系中的那一巨大而广泛的特点，那就是其在群之下还有群。我们通过血统这一要素把两性的个体与全部年龄的个体分类到一个物种之下，即便它们也许只有少数的性状是共同的，我们通过血统对于已知的变种加以分类，不论它们和它们的亲体差异有多大，我确信血统这一要素便是博物学者在“自然系统”这一术语下所求索的那个不易发现的联系纽带。
自然系统，在其被完成的范围之内，它的排列是系统的，并且其差异程度是通过属、科、目等来体现的，依照这个概念，我们便可以理解我们在分类中应当遵循的规则。我们可以知道为何我们把一些类似的价值估量得远比其他类型高：何以我们要用残留的、不起作用的器官，或生理上重要性不高的器官，何以在寻找一个群和另外一个群的关系中我们立即排除同功的或适应的性状，但是在相同群的范围内又利用这些性状。我们可以清晰地看到全部现存类型与灭绝类型怎样可以归入少数几个大纲里；相同纲的一些成员又怎么通过最复杂的、放射状的亲缘关系线相联结。我们可能永远没法说明所有纲的成员之间错综的亲缘关系纲；可是，假如我们在观念中存在着一个明确的目标，并且不去祈求某种不易确知的创造计划，我们就能够希望得到确切的即便是缓慢的进步。
最近赫克尔教授在其“普通形态学”和别的著作里，通过他广博的知识与才能来讨论他所说的系统发生，即全部生物的血统线。在对若干系统的描绘中，他主要依照胚胎的性状，可是也借助于同原器官与残迹器官以及诸生物类型在地层中刚开始出现的连续时期。于是，他勇敢地走出了伟大的第一步，且对我们表明以后应该怎样处理分类。
形态学
我们了解到相同纲的成员，不管其生活习性如何，在通常体制设计上是互相类似的。此种类似性一般用“模式的一致”这一术语来表达；或者说，相同纲的相异物种的一些部分与器官是同原的。该全部问题能够包括于“形态学”这个总称内。这在博物学中是最有趣的部门之一，并且差不多能说就是其灵魂。
适应抓与握的人手、适应掘土的鼹鼠的前肢、马的腿、海豚的鳍状前肢与蝙蝠的翅膀，都是在一样的形式下构成的，并且在相同的相当位置上有类似的骨，有什么可以比这更为奇怪的呢？举一个次要的即便也是动人的例子：那就是袋鼠的极其适于在广旷平原上奔跑的后肢--攀缘且食叶的澳洲熊的一样良好地适应抓握树枝的后肢--生活地下、食昆虫或树根的袋狸的后肢--以及一些别的澳洲有袋类的后肢--都是构成于相同特殊的模式下，即它们的第二与第三趾骨极其瘦长，被包在一样的皮内，结果看来仿佛是有着两个爪的一个单独的趾。虽然有此种形式的类似，显然，这几种动物的后脚在能够想象到的范围之内还是用于非常不同的目的的。该例因为美洲的负子鼠所以显得更为动人，其生活习性基本上相同于一些澳洲亲属，可其脚的结构却依照通常的设计。以上的叙述是依照弗劳尔教授的，他在结论中说：“我们能够称这为模式的符合，不过对于此种现象并不能给予多少解释，”他接下去说，“这难道不是强烈地暗示着真实的关系及遗传自同一祖先吗？”
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