当小樱、当麻、土御门、神裂、米夏在学园都市内“兜圈子”的期间——
美琴得知菲布理是人造人，之后小樱和其他妹妹又被“上级”叫去做“黑暗”的工作，拜托大家照顾菲布理后，美琴心中那个恨啊，已经难以隐藏在心里了，连朋友们都看出了她的状态不对。
经过自我心理的激烈斗争和朋友们的劝告后，美琴约了还不知道真相的黑子、初春和泪子，向她们坦白了实情。虽然大家的样子变了，可认知没变，所以完全无碍。
“诶？！”
“菲布理，和美琴学姐的妹妹们……都是人工制造的？”
“连警备员也无法出手，真的存在这样的组织吗？而且连美琴学姐的妹妹们都是这种组织的人…………”
“菲布理没有那糖就活不下去什么的…………”
“我想，有。”美琴说道，“之前我为了妹妹们的事情，和她们接触过，是群非常危险的人，结果，我什么也没做成，最后还是靠妹妹们才摆平了事情，后来的‘幻想御手’、‘乱杂开放’事件也是，我真是个没用的姐姐，不是吗？
“菲布理的话，现在虽然有克洛伊的投影帮忙维持，但只能确认构成，制造方法却不详，并非长久之计，要救菲布理，就必须置身于如此危险之中。希望你们了解这点，说实话我不希望大家涉险，老实说，我不知道能否保护好大家…………”
不过美琴也只承认了已经认识的五个妹妹，两万个怎么说都太骇人听闻了？令美琴始料未及的是，大家马上就开始讨论起应对暗部的策略来了。美琴对此非常感动。
之后，初春和泪子前往风纪委员支部做进一步调查，美琴和黑子则到警备员那里了解一些情况——
“需要那些驱动铠和警备机器人，以及要见见上次抓到的犯人吗？”黄泉川说道。
“嗯，要了解一些情况。”黑子说道。
“抱歉，东西都被上级收走了，犯人也因为没有证据，又迫于上级压力无罪释放了。”黄泉川叹气道。
“诶？但是，有了这么多证据，怎么会无罪？”黑子不敢相信。
“那些机械都没有电子系统，收缴的计算机也是一启动就被自动清空了数据，被摆了一道啊。嘛，那边肆意妄为也不是一两天了，我们不是没调查，但几乎一无所获。”
最后，美琴和黑子只从黄泉川那里得到了一个装有丝状物的零件作为线索。给冥土追魂分析后，得知是菲布理相同个体的头发，但没有进一步线索了。
无奈，在托了冥土追魂的关系后，美琴见到了正在被监禁的泰瑞丝缇娜。在一番舍弃尊严的死缠烂打后，得知了“生化智能（Chemical-roid）计划”和该事件和学究会有关的事实。
根据该线索，初春查到了暗部“Stndy”成员的部分嫌疑人，以及“StudyCorporation”，包括其在第十七学区的工厂的地址。
调查到此，一天已经过去，美琴决定次日亲自去这个工厂进行调查，毕竟这是现在唯一的线索。
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