某型月平行世界，2004年，冬木市——
原本正在进行第五次圣杯战争的城市，不知何时开始，就已经毁灭了，人类消失了，城市葬身在末世的熊熊烈焰中。剩下的Servant，也不知何时起，自行开始了另一种厮杀。
圆藏山，地下大空洞——
一个水蓝色的光球，从天儿降，落在了大圣杯上方。
“什么？”一个打扮奇怪的礼帽绅士，目光有些诧异地看着那个光球，明明这个时空已经被神抛弃了，事到如今这个存在还打算干预？
水蓝色光球朝礼帽绅士散发出了一条条光纹。
“我明白了。”礼帽绅士只能畏惧地低头答应。
随后水蓝色的光球消失了。礼帽绅士继续静静地看着远方，注视着“不速之客”降临的方向。
这个末世之地，突兀地出现了三个不属于这个时空的漂流者。
不，准确来说，这个世界，是名为人理保障机关·迦勒底用疑似地球环境模型做出的世界，模拟出的人类“未来”，预示人理会在2016年消失，而这三个人，是靠灵子演算装置转移到这个模型中调查这个可能引起人类灭亡的原因的人。
不，更进一步准确来说，这其实是一次迦勒底内起火爆炸引起的事故将这三个人给送来的。这三个人是——
奥尔加玛丽·亚斯密雷特·阿尼姆斯菲亚，颇有些远坂凛气质的银发女子，迦勒底的所长，对事故非常沮丧，为此一定要调查出成果将功补过。
藤丸立香，一个明显有着随处可见的高中生特征的男生，原本打算用来和英灵契约作为修正人理战力的御主后补中，为了填补人员空缺而被找来的“外行人”。
玛修·基列莱特，与藤丸立香偶遇的粉发少女，现在是和藤丸契约的半英灵，职阶Shielder，装备了一身暗色的轻甲，和一块比人还高的巨大十字盾。
一个魔术师，一个普通人，一个半英灵，这个看起来寒酸到极点的阵容，竟然真的创造了奇迹，结束了这场变异的战争，来到了大圣杯前。
真的是一场恶斗呢。
几人登录这个燃烧的城市时，并不在一个地点，藤丸作为玛修的Master，当即受到了黑化英灵卫宫的远程大范围箭雨攻击，玛修也差点挨了一发螺旋剑。
奥尔加玛丽被一大群龙牙兵追击，要不是她的魔术水平对付龙牙兵还勉强，而玛修也及时赶到，就死定了。
三人汇合后不久就遭到了黑化美杜莎的攻击，刚刚成为半英灵的玛修，甚至不能发动宝具，怎么可能敌得过？
要不是唯一没有黑化的英灵库丘林救场，就又一次死定了。
最后，三人联合库丘林与仅剩的黑化英灵——亚瑟王和英灵卫宫在大圣杯附近决战。
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