双屿港被划为四海总督的治地后，这里彻底的成为大明的领土，运输货物商人再也不必像以前那样做贼似的来这里，而是可以光明正大的从大明各地的海岸驾船前来，只要交上一笔税金，他的船就可以在南洋畅行无阻。
不过这些天双屿港中除了商船之外，又来了一些特殊用途的船只，这些船就是运输灾民去南洋的海船，这些海船的来历很杂，其中有南洋商会的船只，也有四海水师的战船，甚至还有以总督衙门名义征用的商船，毕竟几十万人的大迁移，没有几百条船根本就运不过来。
这些北方来的灾民在到达双屿港后，船只一边补充食水，一边派总督府的官吏给灾民们两个选择，第一个选择是去刚刚被占领的马六甲港，那里有现成的房屋和田地，唯一的缺点就是有些远，第二个选择则是去台湾岛，那里虽然有不少汉人居住，但更多的地方都是密林，若是移民去那里的话，虽然可以分到更多的田地，但却需要靠自己的双手开荒和建造房屋，而且台湾距离大明也更近，不必再乘船奔波万里。
对于台湾的开发，周重早就想做了，毕竟这座面积广阔的岛屿资源丰富，而且气候十分适合耕种，再加上距离大陆又近，岛上早就有不少汉人居住，唯一缺的就是大明对这里的管辖，现在自己手中有权，而且又要迁移灾民，所以周重就直接把台湾岛划进自己的治理地区，同时也打算迁移一部分灾民充实台湾的人口。
不过周重显然低估了大明百姓的乡土情结，以及他们对大海的恐惧，特别是许多灾民在上了船后发生了晕船，结果每天都有人吐的痛不欲生，后来虽然好了一些，但对海洋的恐惧已经深深的印在他们的心里。
也正是因为上面的原因，所以这些灾民在听到可以选择留在离大明比较近的台湾岛时，立刻有一大半的人选择了去那里，没有现成的田地和房子算什么，只要有口吃的，家中又有劳力，田地可以开荒，房子可以重新盖，而且听说那里全是树林，木头根本不要钱，有这些现成的材料，盖个房子根本不是什么事。
所以最后经常总督衙门的统治，这次迁移的三十一万六千多百姓，最后选择去台湾的就有二十三万人，选择去马六甲的人却还不到十万，由此可知这些灾民是如何的眷恋故土，用他们的话讲，台湾毕竟在大明旁边，等到他们死了，还能让子孙们把自己运到老家埋到祖坟里，但若是去了南洋，那可是一辈子都别想回来了。
对于灾民们的选择，周重虽然有些遗憾，但却尊重他们的选择，二十多万人全都被送到台湾，分成十几部分定居在台湾岛各处，那些岛上原来居住的汉人也被重新归入大明的管辖，帮助官府安置那些灾民，至于粮食也很好解决，占城和吕宋都是南洋的产粮地，价格十分低廉，派船去买就是了。
安排好去台湾移民后，剩下的近十万去马六甲的移民也很快重新上船，这些移民之所以选择去马六甲，原因多种多样，有些是因为家中劳力少，开荒建房很是吃力，所以还不如去马六甲港，也有些是属于胆大心细，从各方面打听到马六甲的富饶，所以决定去碰下运气，更有些人是不想再从土里刨食，听说马六甲那边要开建各种作坊，需要大量的人手，虽然原因各不相同，不过只要他们愿意去马六甲，周重就十分高兴，毕竟那里才是近期开发的重点。
周重在双屿港一边休息一边处理移民的事，双屿港现在不但是海上的交易中心，同时也是他这个四海总督的治所，也就是政治中心，总督衙门也已经建造好了，平时周重就在这里办公，所有政令都是出自这里。
移民的事马虎不得，周重已经将这件事做为总督衙门的第一要务处理，总督府的几乎所有官吏都在围绕着这件事办公，毕竟光是迁移还不行，这些移民迁移到台湾和马六甲港后的生活也是他们需要考虑的，粮食仅仅是一方面，田地和耕种所需也是他们必须要考虑的，否则一个不好就可能引发大乱子。
周重每天早出晚归，几乎是泡在总督衙门办公，刚开始时他还有些不适应，毕竟之前他只是提督，管理的事情大都是军务，不像政务这么繁杂，可是现在要考虑几十万灾民的吃穿用度，以及各地的开发规划，这简直是要了他的老命。
幸好正德体谅周重初入官场，肯定对这些事情不熟悉，所以很快就给他派来一批经验丰富的官吏，这些人都是充实周重的总督府的，毕竟随着总督府的建立，文官体系就不能只有市舶司一个，现在双屿港以及周围的舟山群岛已经单独划为舟山府，台湾和马六甲也同样单独归分为府，朝廷已经派来知府、通判等官员，都归属于周重的管辖，现在舟山府的治所同样在双屿港，而台湾府和马六甲府的官员也都已经走马上任了。
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