经过刚刚的大败，陈明遇知道自己根本没有领兵之才，便重新想起智勇双全的前典史阎应元来。于是趁着清军撤去，陈明遇亲自前往阎应元隐居的祝塘，拜会阎应元。对陈明遇的邀请，阎应元慨然答应了下来，聚乡中少年六百余人，并带着全家来到了江阴城。
到达江阴之后，陈明遇力排众议，推举阎应元为江阴统帅。阎应元接管权力之后，立刻开始布置城防，首先派人详查城中青壮人数，挑选年轻力壮者组成乡兵，得乡兵三万余人。然后分派人手，三万乡兵分班上城防守，每个垛口固定十个士兵，按时换班。由武举人王公略守东门，崇明军营正沙千里守北门，陈明遇守西门，应元自任守南门，其他将领周瑞珑、邵康公各自负责一段城墙。委任训导冯厚敦为总管，在许用等诸生的协助下负责全城粮饷军械后勤事宜。
严格盘查城内人等，查出以顾元泌为首的细作数十人，悉数杀之。
在阎应元的指挥下，江阴城一切变得井井有条，军民们爆发出极大的抗清热情。
沙千里部因为损失惨重被留在江阴休整。这支崇明军和清兵苦战的情形看在所有江阴百姓的眼中，对于这支英勇的军队江阴军民都心生敬慕，无数的城中少年涌到北门要求加入崇明军。
手下死伤惨重自然需要重新扩充，沙千里从报名的少年中，，挑选出孔武有力者五百余人纳入军中，一营的千人编制重新完整。对这些新加入的少年，沙千里提出了一个要求，就是必须把家人搬到崇明岛。
对于这些人的疑问，沙千里是这样解释的，加入崇明军后肯定会和清兵连续大战，伤亡在所难免，若是家人搬到崇明，则不论受伤还是战死，家人都会受到抚恤，会受到崇明官府的供养。
这个理由很牵强，很多人心中很是犹豫，毕竟崇明是座荒岛，自然比不上江阴的繁华。但也有人有感于江阴的战乱，把家人搬到崇明自然可以免去自己的后顾之忧。
沙千里只肯接纳愿意把家搬到崇明的这种做法，看在有心人的眼中则又生出其他想法。
“也许崇明那位越国公根本不认为江阴能够守住！”阎应元如此对陈明遇道，“或者他根本没打算派兵死守江阴，要不为何刘肇基将军怎么也不肯入江阴城，只留了几百人协助防守。”
“那可怎么办？若是崇明军不肯竭力助咱们守城，凭借咱们一城之力，无论如何也抵抗不了清兵啊！”陈明遇担忧的说道。此时时间已经到了七月，各地举义被镇压的消息陆续传来，据说越国公任思齐也已经带兵从嘉定退回了崇明。苏州嘉定松江，各地的举义纷纷被镇压，也许很快清兵就会全力前来攻打江阴，仅靠刘肇基部几千士兵以及这座江阴城能挡住几十万清兵的攻击吗？
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