进驻谷城对高峻山来说，是一个按甲休兵，图谋发展的大好时机，能够走到这一步是他料想不到的。按照他原先的设想，依靠李自成、张献忠的力量，循序渐进，在夹缝中求生存。现在他既然全盘接管了张献忠苦心经营多年的资产，使自己一下成为了义军中的老大，虽然在谷城受抚，这也只不过是权宜之计，目的是等李自成坐大，与他平分天下，最后，最后是什么呢？高峻山没有再往下想，张献忠忙乎了十数年，最终都为他打工，那么李自成呢？
丢掉幻想，把握时机。这是高峻山时刻提醒自己的。
高峻山坐镇谷城，成为谷城一带实际上的老大，他根据治理平凉的经验，设立了自己独立的县衙机构，雪藏起来的几位文武没有任命他们任何职务，但可以在幕后参与和指导谷城的事务。
因为谷城知县阮之钿没有到任，而县丞、主簿、典史三人也趁机告假回乡，高峻山一人把持整个县衙。
知县阮之钿，乃桐城诸生。朱由检下诏保举人才，阮之钿的同乡刘若宰举荐他任谷城知县，不知什么原因，到现在他还没有到任。
高峻山将谷城打造成一个独立王国，他任命徐以显为临时知县，这个知县并不做具体的工作，而是用来应付明廷来检查的官员的，高峻山自己有一套管理谷城的班子。
一，周世臣、田文居负责扩军、治安和税收；
二，江国荣、刘鸿儒负责清点县衙的财物及监狱的接收；
三，马元利、刘达、李信负责城防；
四，白文选、孙元化、孙和京负责亳州的大炮、火药及兵器、马匹的接收管理；
五，王尚礼、惠登相、王自奇、唐良懿负责管理练武营、孩儿兵，并负责接收安置陆续回来的张献忠旧部。
高峻山现在拥兵十三万，其中精锐部队八万，老弱病残五万。
八万精兵分为五旅：蔡芝山旅一万八千人，总兵由李部司代；曹文诏旅一万八千人，总兵由马进忠代；贺人龙旅一万八千人，总兵由张化龙代；窦名望旅一万三千人；艾能奇旅一万三千人。余下的五万老弱病残分为二十个练武营。
这次组建的管理班子与以往不同，每一个重要的部门都有崇文弟子，包括只有三百人的水军，除了水军都督周文江、水军督导潘独鳌外，高峻山又安插了崇文子弟李九华进入水军管理层。李九华是天文航海方面的领军人物“航海三李”之一。
高峻山十分关心崇文书院的发展，对于教育资金的投入他是从来都不吝啬的，现在崇文书院的弟子已经发展到了一千人的规模，学习气氛相当的浓厚，本着“以民生为立国之本，以科技为兴国之策。”的校训，刻苦学习，等待着为振兴民族而贡献自己的力量。
在谷城有了一个相对安定的条件，高峻山专门划出一块地来提供给孙元化作为研究基地，主要还是用于红夷大炮铸造，“一窝蜂”火箭筒和战车的生产，红夷大炮是城防利器，而“一窝蜂”是野战利器。
“一窝蜂”已经在鞑子身上得到验证，只是火药的消耗太厉害，而且必须使用孙元化亲手配制的火药才有特效果。
高峻山又交给孙元化一个科研任务，要他研制一款便于携带的轻型火炮，射程没有要求，但必须是开花弹，开花弹也在研制当中。这款火炮主要用于野战，特点是轻便灵活。
工匠坊对高峻山来说也是重中之重，他在工匠坊里面设了一个冶炼所、一个矿业所、一个船舶所、一个车炮所、一个枪械所，以及一个运输队。
矿业所和船舶所目前没有生产任务，只是从事科研工作，车炮所除了科研任务之外，还要生产承载火炮用的车辆，枪械所负责研究米尼枪，并修理战场上损坏的枪支。
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