忍者神龟的秘密基地内。
忍者大师斯普林特快步走进了休息室，顾不上教训被他故意放出去的神龟们，直直地来到了艾蓓丽尔·奥尼尔的身前。
装作没看到她更惊慌了些的脸，急急地问道：“你是艾蓓丽尔，你的父亲是不是叫做约什徳·奥尼尔？”
闻言，艾蓓丽尔更是惊讶了起来，听到斯普林特提起她的父亲，像是想到了什么般地小心翼翼地说道：“是的。你…是斯普林特？”
斯普林特一脸欣慰地站直了身体，回答她道：“是的，就是我！”
“他们看起来认识？”
“很明显，笨蛋！”
“可……”
“闭嘴，注意听着！”
旁边的神龟们也感觉到了，事情正往戏剧性的方向发展，小声讨论了下后，都凝神细听了起来。
这时候加尔很有眼力见地搬过来一把椅子，斯普林特看了看他，道了声谢后便坐了下来，摸了摸长须，惆怅的感慨道：“是你把我们带到这里来的，艾蓓丽尔！”
艾蓓丽尔震惊中带着些许的疑惑，茫然地问道：“我不懂，这到底怎么回事？简直太疯狂了！”
“别害怕，我会告诉你一切的！”
“那是……”
那是十五年前的一个晚上，故事同样发生在一座实验室之中，艾蓓丽尔的父亲发现了埃里克·赛克斯的阴谋。
埃里克·赛克斯是大脚帮史莱德的重要手下，表面上是一个成功的商人和科学家。可暗地里他却是史莱德忠心耿耿的手下，暗中为史莱德的犯罪道路提供资金和保护，并且一直视史莱德为父亲。
埃里克有一座实验室，那里有和她的父亲约什徳共同研究的项目，一种来自RB的万灵药。可当实验开发到‘变种源’的时候，约什徳发现了他开发万灵药的真正原因。并不是像爱赛克所说的那样，只是单纯的为了人类的未来着想，而是再为了大脚帮控制纽约做着准备。
‘变种源’是一种神奇的药物，主要用于激发细胞层次的自我修复能力，变相地提高改变自身的基因强度。
如果真的让他们得到了这种药物，从而开发出更不可思议的万灵药来，那么，约什徳不敢想象纽约会变成什么样子。
为了改变这个错误，他选择摧毁这一切。
一场大火，燃烧了整座实验室的资料和所有的‘变种源’，同时也夺走了约什徳的性命。
他只能如此做，因为约什徳还有着一个可爱的女儿，为了不牵连到她，只能伪装成实验室失火，从而让埃里克不会怀疑到他！
本来一切都应该结束在那一晚，可最后关头，年幼的艾蓓丽尔却阴差阳错地跑进了大火里。
在那里，她没有找到她的父亲，就连最后一眼也没有看见。最后只能匆匆地救出做为试验品的小老鼠与那四只小乌龟，并在逃出火场后放生了他们，地点就在一处下水道口。
从那以后，目睹了这一切的小老鼠斯普林特，就只能带着乌龟们游荡在这个城市的下水道之中。
就在不久后，他们血液之中的‘变种源’就奇迹般地改变了他们，使得他们能想常人一样的行走与生活。
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