最终，因为理念的不同，还有对宇宙掌控权和资源支配权的争夺，双方爆发了惨烈的战争。
打出真火的双方，肆无忌惮的拿出了各自的终极武器。
精神念师一方开发出了称作“盘古”的超级法宝，配合具有强大防御的混沌青莲、能够毁灭宇宙的盘古斧、超级智能核心造化玉蝶、近乎无限能源核心混沌珠，准备彻底终结战争。
基因战士一方也不甘示弱，融合了所有强大基因之后，制造了一具最强大的神魔之躯，真正的做到了接近不朽不灭，称作“混沌神魔”，能够吞噬一切，包括时空。
最终，“盘古”和“混沌神魔”的战斗毁灭了整个宇宙，精神念师和基因战士都失去了生存的家园。
最后一刻，双方醒悟过来，握手言和，“盘古”和“混沌神魔”共同联手，重新开辟出了一个新的宇宙。
做完了这一切，“盘古”耗尽能源，“混沌神魔”濒临毁灭。双方在留下文明光辉的种子之后，双双陷入自毁。
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