人类补完委员会召开紧急会议。
“EVA系列不可能天生就拥有的S2机关，竟然通过这种方式自己取得。”一个阴阳怪气的声音说道。
“剧本刚开始就出了偏差，碇，你要负责。”
“这个是意外情况，原因已经查明，驾驶员被使徒之血污染导致初号机失控，具体报告我会在三天内提交。”老碇辩解道。
“必须要对初号机做出限制，毕竟那是神的力量。”
“好好利用NERV吧，碇，不要让我们失望。”基尔议长做出总结。
老碇离开后，委员会非常不满。
“碇源渡，也许一开始把NERV交给他就是个错误。”
“可是没有他一切计划都无法实行。”
“我们得给他系上告警铃铛。”
……
老碇回到自己的办公室，脸色阴沉无比。
“计划太过提前了，要修正可不容易，应付那帮老人不容易吧。”冬月道。
老碇扶了扶眼镜，“没关系，这本来就在计划中，提前发生了而已，省了我很多功夫。一开始方向有误比较容易纠正，总比进行到关键出错好。没想到他们研究了十几年的S2机关，被初号机先得到了，对神的力量存在恐惧在所难免。”
现在初号机的状态相当于一个没有灵魂的使徒，只要置入人类驾驶员，就有了灵魂。相当于智慧之果与生命之果的融合，力量一旦爆发起来后果难料。
按照TV版与旧剧场版的剧情，人类补完计划，分别由SEELE和碇元渡这两条线在进行。并且进行过程中有互相交叉冲突的地方，比如说在对初号机的利用上，SEELE之前并未打算将初号机作为最后处刑的对象，之所以最后不得不使用初号机，是因为失去了原版朗枪的情况下已经无法使用莉莉丝实施处刑，所以只能使用莉莉丝的“唯一分身”初号机。而另一方面，初号机是否能成为神对于碇元渡来说是至关重要的。于是在这个问题上双方就有了必然的冲突。
SEELE的人类补完计划是以死海文书为剧本来执行的，上面记载并预言了所有关于使徒、亚当、莉莉丝、人类的来源以及未来。死海文书的预言部分，总体来说还算是靠谱的，毕竟上面说道了使徒的入侵，并且单从结果上来看，第三次冲击的发生也被其言中。
然后结合SEELE这个团体本身的意志来看，该组织的实际地位与权利都高于联合国，幕后操纵力强，能够直接调用国际储备，只要内部达成一致，就无需再向外界征求意见。
SEELE在很久以前就已经成立，在漫长的历史进程中，老人们开始对自己所属的人类产生蔑视情绪，在学习圣经得知人类是带着原罪出生后，这种情绪就更加强烈，为此他们尝试人类的进一步进化，却苦于没有正确的引导与方案，此计划暂时搁浅。而这就是SEELE本身的意志，任何组织一旦有了这种意志，它就会疯狂地搜集能够佐、引导、传播它的意志的教科书，然后根据这个教科书去照本宣科。没错，在SEELE看来，死海文书就是再好不过的教科书。
死海文书之所以能被SEELE升格为纲领性文件，就是因为它那后半部分的预言，人类将被补完，集体回归莉莉丝，之后就可以统一为一体，产生新的进化生命体。这种看似进化人类，实则灭亡地球论调，正好与SEELE的老人们的想法不谋而合，并且在上个世纪那个末世论横行的年代，死海文书对SEELE那帮冥顽不化的老头们来说简直就是救命稻草，他们总算找到一处能使自己心安理得的避难所。
在此之后，SEELE忙不迭地制定人类补完计划，紧接着又人为引发了第二次冲击，之后一边不惜巨资成立NERV及其配套设施（包括EVA零号机到伍号机），一边催促碇源渡赶紧照他们的要求进行计划的操作，他们就等着坐享其成，等着变成LCL，这就是他们所期盼的人类美好补完结局。
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