三司之下，细分有各院、各案。
如功过司下面的记功院、记过院、都刑院、黑狱院等等。斗战司下，也有兵马案、粮料案、兵法案等等。天道司下，则是散仙案、风闻案、奏事院等等。
个中之详细，严谨至极，乃是林诏结合洪荒天庭以及凡俗王庭，整理划分，确保职权清晰。
三司之外，林诏又分出九部。
这九部分别是——
黄粱部，原黄粱司，掌神庭粮草、神灵修行资粮，一应钱财诸事。
天工部，掌神庭一应法器、兵器、建筑事宜。
游方部，司察神位增、减。
户奉部，掌天下香火，神灵、鬼差俸禄。
雷雨部，掌神庭风云雷电诸神，掌天下风雨雷电诸事。
‘阴’阳部，掌神道法界八方鬼城，‘阴’间之事。
神霄部，掌步虚道诸仙晋升劫数，掌天下术法。
‘荡’魔部，掌阳世‘妖魔鬼怪’，统御‘荡’魔军。
衍法部，掌订立神庭律法、天规戒律，查缺补漏，掌天下典籍、案牍。
……
三司九部，算是将神庭之中所有事务全数囊括。彼此之间，并无高低之分，皆是由林诏直接统属。
至于三司九部掌管，则是有神殿之上二十二尊大神担任。
“功过司！
最高长官为左右录事，称‘真君’。
左右录事真君——
左录事刑狱真君：顺昌州城隍楚文曜。
右录事奖赏真君：将乐州城隍王睿。
……
斗战司！
最高长官为北极四圣元帅，称‘真君’。
北极四圣元帅——
天蓬大元帅真君：南平州城隍韩无垢。
天猷副元帅真君：沙州城隍方思远。
翊圣保德真君：延平府东城大土地季铁峰。
灵应佑圣真君：冠豸山大山神玄青子。
……
天道司！
最高长官为三圣功曹，称‘真君’。
三圣功曹——
太阳显圣功曹真君：尤溪州城隍徐彦哲。
太‘阴’显圣功曹真君：延平府经略使玄成子。
星辰显圣功曹真君：五岛湖水神安云山。
……
黄粱部！
最高长官为左辅右弼，称‘真君’。
左辅右弼——
左辅真君：延平府西城大土地宏兴运。
右弼真君：清源山大山神凌霄子。
……
天工部！
最高长官为天工功曹，称‘真君’。
天工功曹真君：永利州城隍庄容。
……
游方部！
最高长官为游方功曹，称‘真君’。
游方功曹真君：太姥山大山神云一。
……
户奉部！
最高长官为户奉功曹，称‘真君’。
户奉功曹真君：永安州城隍连城。
……
雷雨部！
最高长官为雷雨掌御使者，称‘真君’。
雷雨掌御真君：崇江水神凌云子。
……
‘阴’阳部！
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