山西周遇吉投降之后，陕西的秦王也送了世子至京城，既是履行之前与方原的婚约，也是送上了质子，并表示陕西愿意接受方原委派总督或是巡抚前来主持军政事务。
随着陕西，山西的投降，整个关内两京十三省，除了流寇盘踞的四川，处于自治状态的西南几省，方原已统一大半个中国。
方原对全国的军政系统进行了大幅调整，之前明朝是卫所制、军田制。这种卫所制，军田制，长久以来，早已成了卫所指挥使吃空饷的自留地，完全不足以应付外来敌寇的侵袭，必须做出重大的调整。
方原决定采用穿越前的大军区和地方武警部队并存的军队体系。
所谓的大军区制，就是在全国之内设五大军区：北部军区、东部军区、西部军区、南部军区、中部军区。
北部军区辖区东北、蒙古、山西，辖宣府、大同、蓟镇、山海关、东江镇的防务，总兵力十五万。因满清、蒙古还未归顺，北部军区驻所暂时设在京畿。
北部军区第一任司令赤古台，副司令周遇吉，四个总兵，山海关总兵吴三桂、大同总兵姜镶、东江镇总兵张英、赵全忠，监军唐通。
东部军区管辖南直隶、山东、浙江一京二省的防务，总兵力六万，下辖一支火炮航母编队，两百艘战舰。陆师驻所在扬州，水师住所在舟山海军基地和威海卫。主要负责大明一京二省沿海的安全，和对朝鲜国、日本国海路的控制。
东部军区第一任司令施琅，副司令原火炮营统领李宗泽，南直隶、山东、浙江一京二省总兵，监军是王承恩的义子，太监林同。
西部战区，管辖西南湖广、四川、云南、贵州四省防务，总兵力十五万。
西部军区第一任司令甘辉，副司令原后勤营统领侯承祖，辖白广恩、徐诚、高元爵、贺锦四个总兵，监军马一山的弟弟马立。
南部军区，管辖福建、广东、广西三省，以及如吕宋等南海周边诸国，总兵力十万。
南部军区第一任司令秦展，副司令施福，辖福建、广东、台湾、广西诸总兵，监军陈鼎。
中部军区，管辖凤阳、河南，一京一省，总兵力五万。
中部军区第一任司令郑芝豹，副司令李岩，辖凤阳、河南诸总兵，监军原沧浪亭锦衣卫千户李勤。
在这五大军区之外，方原还外设一个京畿军区和一个宣慰军区。
宣慰军区暂由秦王朱存极主持西北军区的相关军事事务，总兵力是四万秦军，三万肃王的军队。主要对陕西、甘肃、青海、新疆、西藏等西北、西南部分地区的控制和维稳。
对这一块敏感区域的统治，方原可以选择成立自治区的形式，由当地土司、宗教自治。但当地必须接受明朝委派官员进行督导，部分军事要塞由明朝驻军，这是一条红线。若这红线谈不拢，便只能进行军事征讨。
要彻底将这些少民聚集区域纳入大明的管理体系，必须经过长期的同化，绝非一朝一夕之功。只要能委派官员、军队入驻新疆、西藏，已是新中国成立之前，对新疆、西藏最有效的管理。
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