这一次，三法司爆发出来的审讯效率，可以说是前所未有的，即便是三法司的要员也缺少了好几位。
刑部、大理寺再加上督察院，如今大理寺少了一位正卿，刑部少了一位侍郎，两名郎中，督察院少了一位副都御史，七位监察御史，两位给事中，多数职位空缺，即便是如此，依旧是审讯神速，四十七人得到了应有的惩处，其中三人被判斩立决，七人斩监侯，十五人革职流放，其余人等被降职留用或者降职贬出京城任职。
经过这一番折腾，一下子朝中十部空缺出来了大量的职位，如果不能快速填充各个职位的空缺，很显然，将严重影响朝廷的运转，而且宋应星、毕懋康年事已高，屡次请求辞去官职，告老还乡，那空缺的职位就更高了。
朱杰不得不下旨，提前将李岩等人召回京城，重新部署朝廷布局。
首先，重新组建内阁——孙传庭为首辅，李岩、徐一帆、史可法、黄宗羲进入内阁，处置朝堂日常事务；紧接着委任十三部尚书。
李岩出任吏部尚书，掌管朝廷官员考核、升迁、奖惩；
徐一帆出任兵部尚书，统领朝廷所有兵力，查栓出任兵部左侍郎兼任水师总督，掌管大明帝国舰队；
史可法出任刑部尚书，掌管全国刑狱诉讼；杨廷枢为督察院左都御史，掌管官员监察以及刑狱案件复核；
黄宗羲为顺天府尹兼任户部尚书，掌管大明国库财政，同时将兴业银行总部移驻京城，黄宗会为兴业银行督办兼任户部左侍郎；
茅元仪任工部尚书，掌管全国工程、水利修建以及兵器制造，将京城与南京火器局、兵仗局合并，筹建大明兵工厂，毕登辅以工部侍郎兼任；
高杰依旧担任情报部尚书，掌管大明内外情报收集整理事务；
高弘图担任礼部尚书兼理各国蕃务；
方以智调任教务部尚书，铜官大明教育与科考事务；
朱舜水调任商务部尚书负责大明工商以及贸易事务；
侯方域出任税务部尚书，负责全国税收以及海关税收事务；
除了这些，袁继咸代替原来的李岩，就任南直隶总督，统摄南直隶政务，顾炎武升任浙江巡抚。
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