登基之后，李治并没有在朝会上多待，而是把事务打包扔给了宰相会议，接下来的几天主要是给禁军官兵和原东宫卫率的军官授勋。这些军官一部分是通过《封爵令》继承来名额，然后在李靖的军事学院洗脑合格之后，选择军事路线的军官。在职军官平日不允许回家，终日必须和士兵待在封闭的军营内，因此军官的轮岗制度以及作为皇帝的犒劳制度，就成为了把军队和皇帝联系起来的重要枢纽。
禁军军营坐落在长安东北的禁苑之中，这里有一座粮仓，一座军械库。驻扎三万禁军，其中两万人是原有编制，一万人是东宫卫率扩建的编制。扩建而来的炮兵府，成为军营中最严密，最精锐的存在。
军队的士兵不完全来自府兵制，李治过去三年不理政事，最主要的工作就是改组禁军。禁军最低级的兵种：是勤杂兵和火头兵，他们全部来自府兵制度，来自关中，河东和河南地区。服役期限三个月。在以前，他们自备军粮，也要自备兵器。现在他们不需要，包吃住，管工具。日常工作是勤务和给募兵制的士兵做饭服务，此外还有简单的操练。
禁军的一级兵种，称为轻兵，武器是横刀和弓箭，训练要求比较低，主要兵员来自十六岁成人的少年。征兵令规定，新的丁男如果需要得到土地，必须先服役三年，否则不予授田。这个强制的要求是出于两方面考虑，第一随着人口增多，土地兼并，可以分的土地已经越来越少，因此李治干脆给这个均田制先下一个限制。这样那些需要授田的人，就不得不推迟了三年的需求。缓解了一时的紧张局面。第二自然就是给全国的青壮一个军事训练的机会，让他们身体强壮，有自保的本领。
这些少年郎第一年的任务，就是轻兵的训练，主要是射箭和近身战斗。他们在军伍中享受津贴，管衣管饭，新皇给他们的待遇，让他们感激不尽，自然成为了最忠实的护卫力量。
第一年的年末，他们会通过体力，速射，固定靶，移动靶，横刀战斗和空手搏斗的测验。通过考核就能进入下一个兵种，可以根据成绩，选择成为骑兵，枪兵和陌刀兵，并且新增加了高等的战斗课程。
第二年同样有年末考核，通过考核之后，可以留任这个级别，考核不过的就要回到轻兵序列。有大概10%优秀的，可以获得进一步的成为高级兵种和升任下级士官的机会。
三年服役期满，大部分人都回家领田，有少部分拿到军校推荐的，就进一步接受李靖校长各种变态折磨的操练，有的专精特种战斗，成为高级保安人才；有的专精后勤策略类，成为各军区参谋部的后备文官。有的专精战术和指挥，成为后备军官。这些人员都会受到李治的亲切接见，他不停的重复着：“士兵！你很棒。你是学什么的，希望做成一番什么事业？……哦真不错，加油，朕看好你！希望以后的嘉奖中再次看到你。”一天下来，少说重复了四五十遍，还要同这些幸运儿共进午餐。这些幸运儿虽然没有官员品级，但待遇一点也不差。往后只要做到足够的军功，就可以获得官员相应品级的嘉奖，成为《封爵令》的受益群体。
这些草根出来的平民，只要能脱颖而出，得到这样的嘉奖，自然也是忠心的一塌糊涂，五体投地。有这些人给他看着长安，一个字：放心！
同一帮彪形大汉喝完酒，李治就离开了长安，他先在洛阳行宫会见了一批预约的官员，然后赶往长江口的松江港口，这里是他私人出资80%，同云定海合资建设的江南船厂和海军基地。这里生产着混合动力的卡纳维尔改进型帆船。它有着高船首，深龙骨，长30米，宽9米，船高5.5米，吃水3.5米，排水量800吨，有两个主桅杆和横帆。一面船首三角帆。一台改进型蒸汽主机，设计航速蒸汽机12节，使用蒸汽动力最大航程4000海里，需要40名船员操纵。三年来，终于组成了一只十艘船的舰队，这一只舰队，同样适用了军事编制。舰队由一千名水手，一千名海上综合战斗人员组成。此外，船上正在进行的便是海上的炮击实验。——虽然这个时代远远没有什么海盗的概念，但既然有了炮，不装上总觉得有点缺憾不是吗。
这个军府的校尉也是来自李靖军校的毕业生孟强。他的毕业论文是：“论海上战争的地理要素。”李治看过他的这篇文章，文中他指出，海上战争对中国内地战争几乎毫无影响，但对辽东，高丽局势和林邑局势是致命的，因此他建议在崖州和河北建立海军基地即可。当时他还不知道大小琉球的存在，也不知道海外大局势。后来李治把他嘉奖一番之后，给他看了看保密的世界地图，当时就把孟强囧得面红耳赤。
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