这种简单粗暴的收税方法当然会有弊端，而且已经暴露了出来，那就是大小船只一体纳税，大船就比小船划算，所以目前驶入各大港口的，基本都是大船，小船、渔船，根本就不敢进港停靠，宁肯在附近外海进行海上交易，也不愿意到港口贸易，因为进去交一次进出港税后，小商船就可能亏损了。
但从效率的角度来讲，这种征税方式，何尝不是把资源留给了最有竞争力的使用者呢，大海船更有实力承担进出港税，才得到了港口的使用权力，小船无力承担，就只能把这些资源拱手让出来。
固定商铺税的征收还没出现弊端，但可以想象肯定会出现一些弊端，比如因为同样长度的商铺门脸，就缴纳同样的税额，所以商家更愿意做利润最丰厚的生意，导致那些薄利、微利的行业无法维持。久而久之，最优质的商业地段，就会把低利润的行当赶出去。最优质的商业资源，会配置给最优质的行业。
周琅想过这个问题，所以他当初跟荷兰人进行创制税制讨论的时候，并没有说不会开征交易税之类的税种，只是告诉他们暂时没有条件开设。那些分门别类的交易税，其实就是一种商业之外的调配手段。比如对高收入行业，征收较高的交易税，低收入行业，征收交底的交易税，这样调整之后，利润率不同的行业，才有可能位于同一个商圈。
这虽然不符合效率之上的商业配制法则，可在其他方面却有相当大的意义。比如有一些利润很低，但却离不开的行当，一条街上总得需要饭馆、理发店之类的低利润服务行业，如果不用税率调整，那么昂贵的商圈中，就会充满高效率金融业，饭馆、理发店之类方便民生的行业，只能被挤进犄角旮旯里去，效率是出来了，人却活的不太舒服。
不过这都是以后要考虑的问题，周琅现在还没有足够的人才储备去执行这些事，已经培养出来的税官们，最多做到基于简单税制的基础上，覆盖福建所有州县。
于是在嘉庆元年清明时节（1796年），周琅强力推动的商税制度在福建全省铺开，也包括周琅控制的台湾的凤山县，从建制上来讲，凤山县就属于福建管辖。
对周琅强行通过的征税方案，王辅茞是不满意的，但他确实无法阻挡。为此他是很不满的，但他这个人很有意思，有的清高文人，对自己服务的君主或者幕主不满，有时候是会甩袖子不告而别的，可王辅茞却是不满之后，马上去做自己的工作了。
这种态度让周琅很满意，这说明在此人的认识中，是将他现在做的事情，当作是他自己的事业，而不是周琅一个人的事业，取代满清这件事，在王辅茞心中，至少也是他跟周琅共同的事业，而不仅仅是周琅个人的功业。
王辅茞眼前的工作进度，开始转入拉拢当地势力，争取取得他们的支持。
王辅茞的剿抚并用战略，随着大股占据交通要地和县城的土匪先后被清剿，剩下的土匪都是些流窜山林的顽匪，靠清剿一时很难消灭掉。如果有当地势力的配合，清剿起来就事半功倍，甚至能通过当地势力跟土匪集团的关系，直接诏安这些顽匪。
由于成功在福建招募了十万新兵，王辅茞跟当地宗族、豪强势力建立起了一定的联系，这也是选择从福建招募新兵，而不是武装凤山县那些更听话的难民的原因。
不从凤山县招兵，并不是凤山县招不来人，凤山县的人口现在已经严重过剩。
在陈周全的打击下，继被陈周全清洗的第一波地主阶层难民之后，台湾中部地区的广东籍、漳州籍族群普通人，也开始大量逃亡到凤山县，让凤山县人口增加到了六十万，已经是周琅来之前的两倍。凤山县旧有的土地等资源不可能为这些以青壮为主的难民们提供生计，只能由凤山县官府将难民组织起来，深入到屏东平原开荒，他们本就一直在官府的组织下，一旦发了武器，立刻就是士兵。
这些人在健全的官府组织下，在周琅大量真金白银的投入下，保持了稳定的秩序，在这种情况下，招募他们就真的只有增加兵力这点好处。
在福建本地招募士兵，不但可以增强周琅集团跟福建本地的联系，二来经过这次战乱，本就人多地少的福建省，不知道又多出了多少无业游民，这些人在社会上浪荡只能制造不安定因素，反倒不如将他们招募进入軍队，加以训练，不但能增强周琅的兵力，还能增强跟当地社会的纽带，降低社会混乱程度，能更快恢复正常的社会秩序。
所以王辅茞的工作重点，开始转向跟軍队配合，将从福建招募的新兵安排下去。同时跟地主势力沟通，希望这些势力会愿意接受跟福建籍士兵为主的新兵部队配合。
这些新兵显然不可能马上就拥有强大的战斗力，因此周琅从老军队中抽调了一万人充任军官，建立组织架构的同时，让军官对新兵进行训练，暂时不让他们参与任何战斗，只负责进驻主力军收复的一座座县城，帮助王辅茞维持治安，努力恢复地方的稳定。
以县城为据点，控制福建全境之后，这时候才能考虑到剿灭顽匪的问题。
匪患有老匪有新匪，那些经年的老匪，在清治时期就跟官府周旋，他们熟悉当地环境，藏匿于山林沼泽之地，清剿他们甚至比正面进攻坚城还要困难，因此依然以招抚为主，剿杀为辅。
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