梁启超极为感动，他知道蔡锷的难处，也知道这些轻松话之下，其实是经历了痛苦的挣扎和思索，不然，刚才蔡锷低头不语干什么呢？如果是一味搪塞，或者敷衍了事，那完全就用不着思考，不假思索的回答才更符合逻辑。
“松坡，你的难处我是知道的，执政也是明白的，可是国家草创、百废待兴，要克服的困难还有许多，这番作为是苦了你了。”
云南之行，梁启超在蔡锷这个得意弟子的配合下，极为顺利，不仅有效沟通了中央和地方的关系，更让秦时竹对于西南的布置也放了心，在他看来，有了蔡锷和张孝准的“双保险”，西南的大局不难定夺，无论是贵州唐继尧还是广西陆荣廷，都不过是跳梁小丑罢了……唯独西藏方面，中央也许还要费点力气。
俗话说大有大的难处，进军中央，掌握最高权力，自然是人生的一大快事，可从来都是“无限风光在险峰……”秦时竹做了临时执政并准备再接再厉担任最高元首时，原本只在北疆一隅而遇不到的西藏问题也随之而来。说句良心的话，秦时竹在民众当中有如此高的地位，护国战争是一方面，另一方面则得益于在外蒙古问题上的强硬，但此一时彼一时，秦时竹在外蒙古上的良好表现，反过来也束缚住了他在西藏问题上的手脚——民众的期望值高了，希望他能够解决的更好，而且，西藏问题比蒙古问题更为棘手。
西藏自古即是中国领土不可分割的一部分，长期实行政教合一的统治制度。这是一般人都公认地。但若是论起真正纳入中国版图来。西藏反而要迟于蒙古，是在元时期才真正内化为中国领土（看待历史要实事求是，就是这个时候也比大多数民族国家地形成要早）。满族在入关前，已经和蒙古建立了牢不可破的关系，可谓血浓于水，但和蒙古不大一样的是，西藏则是清朝得了天下后才进入大清版图的，对于中央政府的认同并不是很强烈。为了有效控制这一区域，清朝一方面实行尊崇黄教的政策（顺治和康熙帝都曾给和班禅喇嘛优加封号），一方面又不直接干涉西藏政务以示优容。直到172年(康熙五十九年)清军入藏平定准噶尔叛乱后。才开始派驻扎西藏，加强对西藏地方的管。此后，中央对于西藏的管日趋严密。1727年(雍正五年)正式设驻藏正副大臣二人，分驻前后藏。179年(乾隆五十八年)，清廷颁布了《钦定西藏章程》，规定有关藏内大小事务，均应禀明驻藏大臣办，并规定了西藏地方政治、经济、军事、外交等一套制度。
但随着十九世纪中叶英国完成对印度次大陆的入侵后，西藏的局势开始复杂起来。英国殖民者在完成对印度地占领后，又开始把侵略矛头指向与印度毗邻的西藏。其首要目标是确保印度这颗英国女皇皇冠上最耀眼明珠的地位不受损害，使西藏成为印度与沙俄之间地缓冲地带；其次是掠夺西藏丰富的羊毛、皮革、矿产资源。推销印度茶叶和工业品，并通过西藏进一步向中国西部扩张。为达此目的，英国先后发动了1888年和19194年的两次侵藏战争，通过随后签订的《中英藏印条约》(189)及续约(189)、《中英续订藏印条约》(196)及《通商章程》(198)，英国攫取了一批侵略权益，包括开放亚东、江孜、噶大克，自由通商、派驻官、租赁房屋、领事裁判权等。（清一代，这等丧权辱国的条约比比皆是，西藏方面的条约其实远远算不上性质最恶劣的）
虽然英国处以强势（在国力上英国超过清朝。在地上，新德里距离西藏比北京更近），但在196年的《中英续订藏印条约》中，英国也不得不“允不占并藏境及不干涉西藏一切政治”。但帝国主义从来就不“放下屠刀立地成佛”地，英国只是在寻找更有利的时机实现其侵占西藏的阴谋罢了。
英军两次侵藏战争，更兼沙俄也野心勃勃，窥视西北，使清廷感到西藏地位的危险，有识之士鉴于西藏地位的险要和情势的恶劣。主张在西藏进行改革。加强西藏与内地的联系。19年，张荫棠出任查办藏事大臣。拟定善后办法基十四条，主张在西藏练兵筹饷，革除苛政、振兴农工商业。次任驻藏大臣联豫也积极推行新政，设立督练公所、巡警局、电报局、务局等新机构。在西藏改革的同时，清廷又任命赵尔丰为川滇边务大臣，在**聚居的四川西部进行以改土归流为中心地改革。这些改革措施，对于加强西藏与内地的联系，巩固边疆，无疑有着一定的积极意义。但这种改革往往带有民族歧视意味，不容易得到广大藏族人民的支持，同时又与西藏上层封建农奴主阶层的既得利益发生了矛盾，故而遭到他们的反对，清廷对于西藏的控制反而动摇起来。
英国两次侵藏后，为了消化侵略成果，也为了避免与沙俄的冲突，对西藏采取了所谓“不干涉政策”，更注重经济渗透和政治分化，在西藏上层人物中扶植亲英势力。英国驻西藏的商务专等人采取各种手段拉拢和收买西藏官，挑拨汉藏关系，制造和扩大汉藏矛盾。客观上，随着藏印贸易地发展，西藏产生了一批靠垄断羊毛贸易获取高额利润地特权阶层，他们成为亲英派的主要人物。亲英派首领伦青夏札即因专靠羊毛贸易营私舞弊，曾被联豫下令抄没家产，更造成了对立。
双方势力此消彼长，清廷与西藏地方之间地矛盾越来越激烈。西藏的新政改革措施激起当地上层人物的激烈反对，他们唯恐失去自己的特权，除呈请暂缓改革外。还煽动各地土司头人反对改革。并直接派藏军进攻川边三岩等地。在此情况下，清廷决定恢复鸦片战争后名存实亡地中央驻军西藏制度，派钟颖率川军入藏以加强控制。191车2月，川军进入拉萨，在阻止川军入藏地企图失败后，十三世喇嘛等人于当日仓皇出逃，经亚东到达印度大吉岭，请求英国保护。
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