这时辽兵军官中与孔有德并称“山东三矿徒”的第二个人耿仲明，正在登州城中被关禁闭隔离审查呢，因为他的弟弟参与了不久前的第二次皮岛兵变。
由于正是用人之际，孙元化就让耿仲明戴罪立功。可孙元化没想到的是，孔有德已经让登州的辽兵降卒，随着张可大的败兵潜回登州来策反耿仲明。
在崇祯五年的春节之夜，辽兵军官耿仲明和陈光福，从内策应打开城门，叛军从登州东门一拥而入，登州城失陷。
有句话是坚固的堡垒总是从内部被攻破的，此言确实不虚。而在登州沦陷以后，总兵张可大自杀殉国。
而孙元化却陷入了两难，一方面他是一个儒生，儒家教育要求他舍生取义，同时他又是一个天主教徒，天主教义要求他爱惜自己不能自残。于是孙元化选择了自刎却并没有死，他被救了过来。
除此之外，同时被俘的还有蓬莱县令、参议、总兵、参将等一大批官员。而城内的军队也加入到了叛军中，叛军的总人数一下子达到了三万多人。
值得一提的是葡萄牙军官团。他们在叛军进城以后，进行了激烈地抵抗。总教习特谢拉?科雷亚等十二名葡萄牙军官战死，其余的全部被俘。
但是遗憾的是，葡萄牙军官团训练出来的火器部队绝大多数都投降并加入到叛军。这使得整支叛军的火力是大为增强。
而作为辽东前线后勤基地的登州城内，物资是堆积如山。孔有德的叛军一共缴获了马三千匹、饷银十万多两、红夷大炮二十多门，西洋炮三百门，其余火器和甲仗，不可胜数。
而在水城内，大量的战船落在了叛军手中。尤其是不久前，朝鲜国王赠送给孙元化的四十艘战船，此时也正停泊在港内，正好全部被叛军笑纳。
而接下来，就是对登州城内居民的清洗了。所有居民的财物被叛军掠夺一空。接着，叛军还将城中的居民驱赶到东门外，大肆屠杀，残杀百姓数以万计，一时间血流成河生灵涂炭。
除了一些登州城内的败类加入到叛军中以外，现在的登州城内，除了几千被充做军妓的年青女子和一些有身份的俘虏以外，全部居民都被一扫而空。
这次叛乱是如此的顺利，孔有德这些东江镇的军将的野心立刻膨胀到无可复加的地步。
孔有德等东江镇军将还是对当时孙元化的收留提携是心怀感恩的。不过这感恩的心，有多少的水分也是不得而知的。
于是孔有德先是要求孙元化做带头大哥，领着他们造反并建立自己的政权。这要求当然是被孙元化严词拒绝。但念及孙元化以前的收留提携之恩，最后叛军还是将孙元化释放了。
而这时候叛军中势力最大的就是孔有德和耿仲明这两支部队。为了防止内部矛盾，一致对外，于是叛军就立刻开始建立伪政权。
这时称王称帝他们还不太敢，于是他们建立了一个军政府。他们首先推举最年长，这次叛乱中出力最大的李九成为都元帅坐头把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三。而他们竟然还以缴获的登莱巡抚印来号令登莱各州县。当然，没有一个地方州县会听从他们的号令的。
这次吴桥兵变，完全打乱了明朝朝廷救援大凌河城的军事计划。所有救援的明军，以及京营中的明军都被调动了起来，去消灭这支处在明朝心腹之中的叛军。
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