一个星期后，钥匙人带着尼欧乘着电梯来到一栋大楼的顶层。
“这真是奇怪，一路来居然没有一个人阻止我们。”钥匙人皱着眉头道。他领着尼欧来到一个门前。
钥匙人摘下一把钥匙递给尼欧道：“我只能陪你们到这里，门由你自己打开。”
尼欧接过钥匙，目送钥匙人离开后，他把钥匙插进锁孔。一阵白光从门的缝隙里射出来。这白光越来越亮，终于淹没了他的视线，然后收缩成一点，尼欧感觉到他们自己整个人好像都消失了，迷失在一片星空。
他没有前进一步或者后面一步。但等他回过神来时，他已经在一间四面墙满是电视银幕的房间内。
在他的正对面，有一张背朝着他的靠背椅，椅子上坐着一个人。
“你好，尼欧。”那个人转动椅子面朝尼欧道。
椅子坐着的是一个白发，短白胡子的老人。他给人的第一感觉就是整齐。整齐的灰白色西装，整齐的灰白色夹克、白色衬衫，黑色领带。
老人看着尼欧的眼睛，尼欧感到这明明是一个老人，可是那双眼睛却像是正在壮年。
“你是母体之父？”尼欧走着眉头道。
“我一直在等你，你有很多疑问，这段历程改变了你的意识，但你仍然是人类，因此有些答案你能理解，有些你可能不能理解。你的第一个问题也许最急迫……”
“崔妮娣发生了什么？”尼欧道。
“很有意思，其他人都悲天悯人，散播大爱。而你和之前的人都完全不一样。”
“其他人？什么其他人？”尼欧错愕道，屏幕内所有尼欧都也做问出同一个问题。
“母体比你想象的还要久，我偏爱用救世主出现的次数来计数。你是第六个版本。”
“第六个版本？前面的版本我从来没有听说过，只有两种解释：要不是没人告诉我，就是没有人知道。”
“你猜得没错。知道的人都死了。”母体之父目光灼灼地看着尼欧。
然后母体之父解释了母体发展的三个阶段。第一阶段就像是天堂，他按照人类描述的天堂创造完美世界，但是越完美失败的越快。他意识到这是由于人类本身的缺陷导致的，于是第二阶段的母体他完全基于人类历史制造，但此时母体内的人类不是自由的，而是跟着历史剧本演，这次尝试也一样失败了。最后一个基于直觉的程序找到了答案，给了人类在母体内的选择权。但是这个选择权也造成了尼欧和其他救世主这样的BG，以及时不时从母体内苏醒的人类。为了处理这些苏醒过来的人类，防止他们到处跑添麻烦，他诱导这些人类建立了锡安，每次当锡安的人数增长到一定上限，机械帝国都会派机器大军集中消灭这些人类。
“锡安按原本的轨迹应该周期性毁灭。这就像是一个程序。”母体之父解释道。
“原本？”
“你很敏锐，这个程序因为三件偶然的事件被改变了。”
“出埃及计划？”
母体之父点点头流利冷静地道：“如你所知，机械帝国重视效率，移民计划的名额有限。绝大多数人工智能不会获得移民的机会。移民的都是对移民计划有用的程序：通讯，太阳能利用。
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