李飞回去苦练变身术，在满级忍术天赋之下，很快就将E级的变身术修炼到了化境，不惧写轮眼的观察眼。
然后变身成三代目去大名府。
在路上遇到大和的刺杀。
战斗中复制到了木遁忍术，但却只是获得了血继限界，而并没有获得柱间细胞。
卡卡西在李飞的安排下在旁边旁观了这一战。
李飞告诉他，木遁有压制尾兽的作用，根组织里明明有木遁忍者，但在九尾之乱时团藏却并没有让其出手。
他栽赃三代害死水门，其实他自己才是这样想的，如果那晚上木遁忍者出手帮忙压制九尾的力量，水门夫妇生还的希望更大。
卡卡西了解到了真相，彻底大彻大悟，同时对李飞愈发感激。
卡卡西让李飞放了大和，认为他的木遁将来对帮助人柱力制约九尾会有大用。
李飞欣然同意。
团藏计划败露被三代目警告，老实了许多。
大蛇丸外出回归，却并没有带回红豆，并且跟团藏表面上开始保持了距离。
之后借着这个机会，李飞和卡卡西的关系亲近了许多，并且向三代目提出要求，学习了禁术飞雷神。
学会了飞雷神之后，李飞悄悄在宇智波鼬的身上印下了术式的查克拉印记。
在宇智波鼬执行任务遇到虎纹面具带土的时候，李飞在鼬的同伴被杀，开眼之后，李飞用飞雷神赶到，跟带土交战，救下鼬之后，开始与带土接触，图谋柱间细胞，但带土却并没有立马答应。
一年后。
之后止水在雷之国执行任务时，被发现，重伤回归。
同时，雷之国也开始再次对木叶发动战争。
二尾人柱力由木人在猫婆婆的帮助下，虽然还不到八尾人柱力奇拉比那样的完美人柱力，但也跟体内的尾兽达成默契，可以凭自己的意志尾兽化。
战争爆发，李飞在重伤的止水的拜托下，为了保护木叶，也为了替止水报仇，选择了上战场。
大战后，李飞打败了二尾人柱力，直接负距离贴贴了她，复制到了部分二尾的查克拉，自身查克拉量大幅度提升，并且可以释放尾兽玉。
大蛇丸看到李飞在战场上的表现，对写轮眼的力量产生了极大的渴望。
在战争中，李飞靠着飞雷神救下了危机中的卯月夕颜，彻底俘获了夕颜的芳心，得到了香吻，同时复制到了她的木叶流剑术。
在木叶孤儿院的院长带着孩子们给战后的李飞他们处理伤口的时候，大蛇丸看中了年幼的药师兜。
可药师兜拒绝了他的邀请。
事后大蛇丸找团藏逼迫孤儿院长云游巫女药师野乃宇去执行卧底任务，并且将兜给招募进了根组织。
李飞跟卯月夕颜在一起，惹得月光疾风大为嫉妒，于是找李飞约战。
结果毫无意外被李飞给虐了。
李飞再找猫婆婆，让她帮忙训练虎虎。
可虎虎在双尾猫王猫又的特训之下，却屡屡受挫。
李飞看之心疼，抱回了虎虎，决定就将它当做小宠物来养。
止水伤势恢复后，鼬和他们一起修炼时，旁边也多了个小跟班——三岁的佐助。
既然虎虎只是普通的猫，于是鼬便建议李飞跟乌鸦签订血之契约，相当好用。
李飞思忖之下也同意了。
可是在拿出契约书准备签订的时候，虎虎却一直捣乱，最后从虎虎的体内出现了一道强光，形成了一个玄妙的符文，钻入了李飞和它的身体之中。
之后李飞发现，他竟然无法跟其他的通灵兽签订血之契约了。
这种情况让鼬和止水也傻了眼。
因为在忍界当中，拥有多只同种类通灵兽，或者多种不同品种的通灵兽的忍者大有人在，但不知道虎虎为什么就如此特殊。
这件事，就连见多识广的忍术教授三代目也没有头绪。
云忍和木叶的局部冲突进入了尾声，木叶也开始休养生息。
回过神来的团藏，以为当初是卡卡西背叛了自己，所以才暴露了刺杀三代的计划，所以派大和去刺杀卡卡西，并且想抢走他的写轮眼。
大和开始暗暗跟踪卡卡西。
大蛇丸的秘密实验暴露，三代目带人亲自撞破了他的实验室中的人体实验。
可面对自己的爱徒，三代目还是没有下得去手。
大蛇丸冲出去，遇到了卡卡西，气势爆发之下，吓得卡卡西难以出手。
这时李飞出现，交手之下，大蛇丸不想多做纠缠，遁逃出去。
李飞追击时，沿途竟然遇到了根组织的拦截。
一怒之下，李飞击杀了数名根组织的精英，让团藏又惊又怒。
之后三代目派李飞和卡卡西去追捕大蛇丸。
在大蛇丸的一处秘密基地中，大和出现，后突然束缚住李飞，然后对卡卡西动手。
但被卡卡西和李飞轻松制服。
卡卡西再次选择了放过大和，李飞在大和身上再次复制到了新的木遁忍术。
在追击大蛇丸的过程中，李飞他们还遇到了拥有奇特的将身体烟雾化血继限界的伊布里一族。
李飞复制到了这种血继界限，同时配合自己万花筒的意念力场，可以完美解决伊布里一族烟雾化不稳定的缺陷。
大和在被卡卡西嘴遁之后，加上本性不坏，对根组织产生了怀疑。
便用假的写轮眼去交差。
团藏发现后暴怒，刚准备给大和加强身上的封印术式，以此来控制他。
就在这时，李飞和卡卡西神兵天降，带着火影的传召令，救下了大和。
大和自此加入了卡卡西班的暗部。
自来也知道大蛇丸叛逃之后，想要追回他，但却失败了，整个人相当失落。
三代目把他介绍给了李飞，针对李飞跟虎虎之间的特异联系，想要让自来也带李飞去妙木山问问活的年岁久远的大蛤蟆仙人。
大蛤蟆仙人在看到了李飞和虎虎之后，大惊失色，称他们都出现在自己的梦中。
并将妙木山的仙术查克拉，交给了虎虎，同时告诉李飞，想要让虎虎觉醒，除了他以外，还需要获得另外两大仙地的仙术查克拉，才能激活虎虎自身独有的潜能。
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