魏藻德出使清廷的同时，吴襄也去了宁远给儿子吴三桂秘密宣旨。
这次倒也顺利，毕竟吴三桂目前还是个忠孝之人，加上皇帝的恩赏，吴三桂自然唯命是从，皇帝密令他在和闯军交接防务之后，退出辽东，驻守天津卫和山东一线，吴三桂心中暗想，这皇帝布局倒是让他猜不透，但又觉得精妙。
而这几个月朱明复也没闲着，朱明复看到在筹钱、舆论宣传上锦衣卫发挥了巨大作用，结合主世界现代知识，他觉得这个特务机构力量非常强大。当然锦衣卫目前也有很大问题，一、人员冗杂，鱼龙混杂，二、贪腐成风，纲纪不明。三、机构杂乱，分工不明。于是朱明复准备结合现代的国安局、情报局等特别部门设定。
一日，皇帝正在养心殿思考如何改革锦衣卫时，宁德公主朱徽妍来宫中觐见，朱明复搜索起朱由检的记忆，想起此人乃是光宗的第五女，性情活泼，与朱由检、朱由校兄弟从小一直要好，容貌秀丽，性情活泼，从小便爱习武，不仅一身武艺了得，还精通兵法。朱明复脑中闪过了一个想法。
“哟，五妹，舍得来看朕了？”朱明复道，“哎呀，皇兄你还好意思说，上次来找你，你训斥我，出嫁从夫，我哪还敢来找你啊？”朱徽妍撒娇道，朱徽妍中秋节的时候来觐见皇帝，当时崇祯帝还没有意识嫁接，被国事搞得焦头烂额，自然没空搭理这位爱舞枪弄棒的妹妹，这宁德公主虽然已经出嫁好几年了，但却只有23岁，驸马刘有福一直体弱多病，两人没有子嗣。“五妹，那确实是朕不好，来来，皇兄给你准备一样好东西，给你赔罪。”朱明复从玉案下的柜子里拿出一本书给宁德公主，公主结果一看，上面写着《情报战法》，一看是兵法，便一把接过，这本书乃是朱明复根据主世界载入的军事资料而编写的，也是从有了整顿锦衣卫的想法之后就开始写了。“皇兄，这兵法真新奇，谁写的？”朱明复摇摇头说是迷藏本，不知作者。
看了几页之后，公主又似乎想起了什么，对朱明复说：“皇兄，你答应我带兵打仗的还算不算数？我最近看到了京城外有从昌平州就下来的三千女眷，好可怜，要不你把她们给我练成一支女兵吧？”朱明复闻言，哈哈大笑，说：“这有何难，皇兄还有大事要交给你做。”于是便说了改革锦衣卫的一些想法，宁德公主一听一开始极为兴奋，而后有感沮丧，说：“皇兄，我怕我做不好！”“大将军都是练出来的，五妹肯定可以。”朱明复按着她的肩膀道，又细聊了半个时辰，宁德公主才满脸喜悦的离开。
终于，朱明复下定了改革锦衣卫的决心，于是便召集了锦衣卫的可靠官员大约50余人，在乾清宫候旨。
首先是宣布锦衣卫的改制，锦衣卫下设五司，主官为司长，司下设若干处，主官为处长，处下设队，没处10队，主官为队长，队下设组，每组10-20人，主官为组长，司、处、队还都设两名副官，而这五司分别是：
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