明代初年，朱元璋改组政府，他在中央设立中书省，当时有左右丞相，由丞相来总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。
明朝初期，中书省大权掌握在左丞相胡惟庸手中。因为顾忌到皇权旁落，朱元璋“命奏事毋关白（告知）中书省”，开始遏制中书省权力，但是胡惟庸不甘示弱，反而组织党羽，招集军马，阴谋武装政变。这下可激怒了朱元璋，在洪武十三年，朱元璋杀掉了胡惟庸等人，也一并废除中书省及丞相制，将中书省及丞相权力分别交给了六部衙门，由六部尚书直接对皇帝负责，将大权集中到了自己手上。
但是皇帝的精力有限，很难做到对国家大事的面面俱到，洪武十三年，朱元璋尝试设置“四辅官”，协助皇帝处理事务。
《通纪》载：九月丙午，置四辅官，敕以协赞政事，均调四时。月分三旬，人各司之。以雨？时若，验其称职与否。
因为效果不好，朱元璋废去四辅官，并于洪武十五年仿照宋代制度，设立内阁，让大学士担任顾问兼秘书的职务。
《昭代典则》说：（洪武）十五年十一月丙午，初置大学士。
内阁在明朝初期并不是职位名，只不过是皇帝让自己信任的文臣对国事提出参考意见以供选择，这些人原来的官职并不高，既没有在六部兼任职务，也不隶属于其他部门，他们没有权力直接指挥行政，是属于议政的部门，和东汉时候的尚书、唐代时候的翰林学士性质差不多。
因为明朝皇帝的懒惰和无能，皇帝越来越依太监和朝臣替自己处理国家事务，久而久之，内阁这些人逐渐得到升迁，并且也有了正式的办事处所，他们的地位也得到提高，往往尚书、侍郎，或有加衔至于“三公”者。
仁宗以后，阁臣之权加重，到嘉靖年间，大学士的排名已经列在六部尚书之上。这个时候，内阁相当于丞相的位置，明代大学士一般称阁老。
内阁大学士表面位尊而权重，但难以独立发挥其权力，其与皇帝沟通受制于宦官，提拔选举贤良又受到了吏部、兵部的约束。
《明史·:职官志》说：
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