隋文帝即位后。对兵役制度作了重要改革，以加强对军事的控制。同时，也对行政机构进行了一些改革。开皇元年（公元581年），杨坚登位不久，立即采纳了大臣崔仲方的建议，废除北周模仿《周礼》在中央设立的“六官”制度，“依汉魏之旧”建立中央机构。《隋书&p;#8226；百官志》说：
高祖践极，百度伊始，复废周官，还依汉魏。唯以中书为内史、侍中为纳言、自余庶僚，颇有损益。
皇帝是最高的主宰，握有军政的绝对大权。辅佐皇帝处理全**政机要的主要有三省，即尚书省、内史省、门下省。三省长官都是宰相。
隋代的尚书省地位很高，管理全国政务。《隋书&p;#8226；百官志》说：“尚书省，事无不总”。这句话说明了尚书省在中央最高行政机构中权力之大，地位之尊。当然，这并不是说尚书省包揽一切。尚书省的总官署名叫尚书都省，置尚书令、左右仆射各1人，总领吏部、礼部、兵部、都官（开皇三年改刑部）、度支（开皇三年改民部）、工部等六部。六部长官是尚书，与尚书令、左右仆射合称“八座”。吏部掌文官选授考课，吏部尚书绞吏部侍郎2人，主爵侍郎1人，司勋侍郎2人，考功侍郎1人。礼部掌学校、礼乐。礼部尚书统礼部。祠部侍郎各1人，主客，膳部侍郎各2人。兵部掌军籍舆马，兵部尚书统兵部，职方侍郎各2人，驾部，库部侍郎各1人。都官掌刑政司法，都官尚书统都官侍郎2人，刑部，比部侍郎1人，司门侍郎2人。度支掌财税出纳，度支尚书统领度支。户部侍郎各2人，金部、仓部侍郎各1人。工部掌工程建造，工部尚书统工部。屯田侍郎各2人，虞部、水部侍郎各1人。六部共24曹36侍郎，分司曹务，直宿禁省。尚书省的长官为尚书令，实际上一般不授人，隋代只有炀帝时的杨素因为有翊戴之功，又平定了汉王谅，方进位尚书令。但是炀帝对他“外表殊礼，内情甚薄”。他有病，炀帝虽然频频遣名医赐药，“然密问医者，恒恐不死”。所以隋代尚书省长官实际上是左右仆射（从二品）。其中左仆射判吏部，礼部，兵部，兼掌纠弹；右仆射判都官，度支，工部，兼知财政用度。仆射的属官有左右丞各1人，都事8人。炀帝时把都事拨到六部去了，另增设左右司郎各一人来代替，他们就是唐代左右司郎中的前身。隋代尚书是一个机构完整的中枢政务部门，与前代大不相同。“侍郎”掌一“司”之事，与后代的“侍郎”不同。
门下省在隋初是侍奉谏议机关，掌审查政令及封驳诸事。其长官有纳言二人（正三品），它本是侍奉内廷，以备皇帝之顾问。《隋书&p;#8226；柳机传》载，柳机在文帝开皇年间为纳言，“当近侍，无所损益，又好饮酒，不亲细务”。所以不久就出为华州刺史。次官有给事黄门侍郎4人，负责纠正奏章得失。《隋书&p;#8226；柳雄亮传》载，雄亮任给事黄门侍郎时，“尚书省凡有奏事，雄亮多所驳正，深为公卿所惮”。炀帝时去“给事”二字，另加置给事郎4人，这就是唐代给事中的前身。此外，还有录事、通事令史各6人。隋初还有散骑常侍，通直散骑常侍各4人、谏议大夫7人，都是谏官。炀帝说他生性不喜人谏，所以把谏官全部罢废了。隋初，门下省还掌皇帝衣食供奉等日常生活事务，统城门、尚食、尚药、符玺、御府、殿内等六局。城门局：设校尉2人，直长4人。尚食局：设典御2人，直长4人、食药4人。尚药局：置典御2人，侍御医、直长各4人，医师40人。符玺、御府、殿内局：置监各2人、直长各4人。
与尚书省、门下省鼎足而立的是内史省。内史省后来改为内书省，为中枢的制令机关，专司起草皇帝诏令。隋初置监、令各1人，后来废监，置令1人（正三品）。内书令，本称中书令，在汉代本是掌禁中书记的，所以称“中书”。汉武帝时，司马迁受腐刑出狱后就当过中书（谒者）令。魏晋以来，中书令掌出纳王命，南朝多以诸公兼之，至隋代才以专人任其职。炀帝时，内书令已不常置，往往以其次官内书侍郎行其职。内书省的属官还有舍人8人，掌起草制令；通事舍人16人，掌宣奏。不过，在隋代也偶有内书侍郎亲自草拟诏敕，如《隋书&p;#8226；薛道衡传》载：高祖时薛道衡任内书侍郎，“每至构文，必稳定空斋，蹋壁而卧，闻户外有人，便怒。”其劳心焦思若此，所以文帝赞扬他说：“薛道衡作文书，称我意。”
三省之外，还有秘书省和内侍省，这是掌握具体事务的官署，秘书省掌图书籍藏整理。这个官署一般比较清闲，长官为秘书监（正三品）1人，次官有秘书丞1人。属官有秘书郎4人、校书郎12人、正字4人、录事2人，领著作曹、太史曹。著作曹掌国史修撰，有著作郎2人，佐郎8人，校书郎、正字各2人。太史曹掌天文历法，置太史令、太史丞、司历各2人，监候四人。隋炀帝大业年间，又新置儒林郎10人，掌明经顾问，唯诏所使。文林郎21人，掌撰录文史，检讨旧事。
内侍省是内廷的侍奉机关，隋初由宦官担任。置内侍（从四品上）2人为其省长。次官有内常侍2人。属官有内谒者监6人，内寺伯2人，内谒者12人，寺人6人，伺非8人，统领尚食、掖庭、宫闱、奚官、内仆、内府等六局。炀帝时改内侍省为长秋监，有长秋令、少令、丞等皆用士人，低级役使人员则用宦官。
以上是隋代中枢机构的“五省”，朝廷内外政务皆由其统辖，为中央最高执政机关。
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