谓废止八旗，缘起于维新三年年中，但整个过程一直10年。因为，对一样根本性制度的调整，涉及到方方面面的利益与纠葛，虽然皇帝借着平定亲贵叛乱的势头以雷霆万钧的手段加以勉力推进，但在具体做法上，依然积极稳妥。
以旗兵为例，京师八旗因为驻所地由禁卫军等担任卫戍任务，原本就不甚仰仗，废了亦无大事。但像偏远地区，譬如黑龙江、譬如西安，都驻有大批旗兵，而且旗兵无论吃苦性与担任的卫戍任务都要强于京师八旗，那就不是简单的废止。
又譬如汉军旗，满八旗要废止，汉军旗同样也会跟着废止。如果不给他们相应的优待，则汉军旗必定要起来造反，即便不造反，数百万人怀有怨望也说不定是未来的巨大隐患；但如果给他们与满八旗相应的待遇，不要说满八旗会大有意见，就是帝国财政亦难以接受。最后经过商定，汉军旗废旗的，安家费发30元，但加上豁免今后5的地丁钱粮这一条款。双方便是皆大欢喜。
除了满汉八旗以外，蒙古八旗也是令人相当棘手的问题。皇帝汲取了历史上清廷在蒙古强硬推行新政，结果造成蒙古王公对中央政权离心离德的教训，对蒙古方面的改革极为慎重，对蒙古王爷也格外予以优容。最后商定了八项解决意见：
1、蒙古八旗制度，以所在旗王公意见为准，存废悉听尊便。朝廷不予干涉。但王公爵位继承不得朝廷册封诏书者，视为僭越；
2蒙古可选代表出席帝国国会，名额遵照相应法律，但国会代表如何选定，由蒙古各旗自行商议办法后报朝廷批准；
3无论蒙八旗存废与否，蒙古王公所辖卫队不得超过400，不得私自组军。蒙古壮丁纳入国防部统一的征兵范围，按《帝国国防法》予以编制，不得违逆；
4蒙古境内土地准自由买卖。但不得售于外人。蒙人售于满人、汉人者，亦不得阻拦，亦允蒙人入内地收买田产、房产；
5蒙古境内如铁路、公路、电报局等设施之营建经费。悉由朝廷承担，所占土地亦以公允价购买，但当地王公不得以其他理由阻挠之；
6蒙古境内的度量衡、钱币、法律等一切制度，须与朝廷改良后地制度保持一致，但允许保留蒙古传统与民族特色。朝廷亦极尊重蒙古传统宗教；
7蒙古子弟倘有聪颖且愿意出洋留学者，可由帝国教育部予以考核后直接放洋或入本国大学堂受学预科。经费由朝廷承担；
8蒙古王公每家应抽调1～2年10岁以上，15以下子弟入京受学。
对蒙古地政策如此，对西藏的政策也是如此。皇帝的意思非常明确，这两处地方，版图大、人烟少，文化、交往都处于极其闭塞的境地，传统习惯力量尤强，对他们加以现代化改造决不可操之过急。最好的办法便是保持朝廷的传统掌控与影响，同时增加对现代化信息的沟通与交流，通过潜移默化地渗透而不是强制性的行政命令来改变旧有习俗。同时，皇帝鉴于后世民族政策的教训，只尊重蒙、藏两族地民族特色，但并不授予其高于其他民族地权利。
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