户部主管全国钱粮、人丁口数、农田土地数目、各军甲器、各种牲畜数目等，总之户部不仅承担了后世统计局的差事，还兼着渔业部和农业部的差事。本来三娘想要一次性把后勤部和农业部单独剥离出来，但总觉得一下子搞出八部来也太过繁琐，还是精简些机构较好，是以在户部下设了渔业司和农林司。
而兵部这次官制变动最引人注目的就是兵部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，钱粮甲器一应军中所需今后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的钱粮甲器了。这也是三娘早早的把防止手下将领坐大的手段使了出来，只要控制住一军的钱粮甲器命脉，再强的将领也不能掀起什么风浪来，这也意味着三娘对全国军队的控制更加严谨了，今后军队便是国家的军队而不是哪一个将领的军队了。
同时户部还加入了关税司，也就是负责海外贸易的关税收取，海商出海必须先交关税，而将后来的市舶司功能都加在了关税司的职责上。
礼部承担的职司不便，还是礼乐之事、科举之事和涉外之事，三娘特别加重了理藩院的职责，并规定今后前来朝拜的藩属之国，在还礼之时，定是要公平交易，三娘可不是那些抱着天朝上国的思想，别国进贡一些土特产，然后天朝上国为了面子问题，就赐下一些丝绸、茶叶、瓷器等等，每次朝贡还礼都是亏本的。
刑部除了掌管刑罚之外，三娘设立了监察司，主要就是负责监察百官的规行。同时刑部被剥夺了颁布刑法的权利，刑部今后就只管查案、审案、断案，扈元朝所有的法令皆由中书令颁布。刑部多出的一个司部是警察司，刑部掌管的警察司负责管理各地设立的警察所，就是负责维持地方治安。
工部的职司除了之前的兴修水利、修桥铺路、营造屋宇、宫殿、城垣之外，三娘新设了火器司、船舶司、机械司三个司部。火器司就是负责制造、研发各种火器、火炮、火药的司部，该司部早在山东路时就存在，当时的山东路的工匠们都被集中到一起，专门修缮火器和配制火药，如今只是正式挂牌而已。船舶司也是在山东路时就有，负责管理船只、建造船只。同时船舶司还要该管内河航运往来的各种船舶，也算是江海事局的前身。机械司负责的事也不少，从矿产勘探到开采、冶炼，以及各种机械的制造等等。
六部官员和属员大都是由山东路出身的文官担任，他们在山东路实行的新政已经有了很好的经验，接下来只是推广全国的问题而已。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武将出身，是以在六部担任官职的并不多，只有穆弘为兵部尚书，韩韬、彭玘、黄信、孙立等人在兵部任侍郎，铁面孔目裴宣为刑部尚书，蔡福、蔡庆在刑部任职，九尾龟陶宗旺在户部农林司任职，孟康在船舶司任职，汤隆在兵甲司任职，金大坚、萧让在礼部任职。
其余梁山老兄弟都是武将出身，三娘在全国设立了东西南北中五大军区，负责统领天下兵马，负责戍边和保卫地方。其余梁山武将及田虎、方腊麾下降将都在五大军区之内担任军职，此间就不一一赘述。总之三娘为跟随自己的一干老兄弟都安排好了，除了担任军职之外，三十六天罡正将都按战功封了侯爵或伯爵之位，其余将佐或封男爵、子爵，都有爵位封赏。
扈元朝将地方行政体系也做了改变，将宋朝的一路行政单位改为行省，比如山东路改为山东行省，三娘还是习惯用行省划分地方行政区域，而没有沿用宋朝的什么一路军州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是县，县之下是乡，乡之下便是村。三娘在地方管治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长一般也是由村民自己推选，不过朝廷加入了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的地方行政也有效管治了起来。
同时三娘还设立了御史监察台，负责监察全国官吏，设立了宗正府管理宗室以及各级爵位的公侯们，设立宣政院管理天下教义，设立了宣慰司负责管理少数民族事务。而公孙胜、鲁智深、武松等出家人多被封了护国真人、国师等职位，便在宣政院内任职。
而一应女军们也在朝中设了官职，允许女子出任朝中官职，虽然朝廷允许女子出任官职，但真正在朝廷任职的也只是琼英、孙二娘、庞秋霞、顾大嫂等跟随三娘起家的女将，很少有女子真正通过科举考试做官的。直到后来三娘之子扈宗明继位后的第五年上，才正式有第一位元朝女子正正经经通过科举做官的，到扈宗明登基十年后才出现了第一位科举女状元，那都是二三十年之后的事了。
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