王保弹劾潘兴汉的奏章里面罗列的罪状多数都是凭空捏造，根本站不住脚，并且几项条款还暴露出王保不学无术，具有污蔑诽谤公报私仇之嫌。但不要高估那些文臣武将的人品，还就真有大臣拿不是当理说。
有几个监察御史剔除弹劾奏章中站不住脚的罪状，揪住潘兴汉自筹粮饷、开办互市这几条与银钱沾边的条款不放，引经据典大加挞伐。还争先恐后的向朝廷提出申请，到塞北火枪兵驻地实地巡访，找出潘兴汉违反大明律法的证据。至于是否真为朝廷着想，只有他们自己知道，反正在此之前，没有一个朝臣主动提出到边塞巡察，即使游牧部落发生大规模叛乱时候也没有。
神宗皇帝当初将潘兴汉派往塞北，只是一时兴之所至，根本没指望潘兴汉能够有所建树，要不是一些别有用心的大臣将弹劾奏章呈送**，神宗皇帝朱翊钧已将此事忘的一干二净。
王保弹劾奏章虽然漏洞百出，还是引起了神宗皇帝的高度重视。引起朱翊钧重视的不是奏章中弹劾潘兴汉的罪状，而是火枪兵的强大。没有想到原来一千多人的火枪兵发展速度竟然如此之快，而且实力强大的超出他的想象。
神宗皇帝对军队发展和边地争端一向十分敏感，他可以放任朝臣瞎折腾，可以多年不上朝理正，但绝不放过任何威胁皇朝的军事存在，所以才有万历三大征。得知火枪兵发展到能够影响、威胁皇朝安全的地步，明白此时到了将这支军队套上笼头、彻底掌握在朝廷手里的时候。
至于如何处置潘兴汉，神宗皇帝现在拿不准主意。因为他还不知道潘兴汉对朝廷的忠诚达到何种程度，是否能够有效控制。但在做出最后决定之前，觉得弹劾潘兴汉之事可资利用。
因为神宗皇帝此时因立储问题与朝中大臣闹得不可开交。按着他的本意想立自己宠爱的郑妃所生的三皇子为储君，而朝中大臣根据立长不立幼、立嫡不立庶的祖训，坚决要求神宗皇帝立皇长子为储。
按说皇帝是江山所有者，他要是坚持想立自己喜欢的儿子为继承人，做臣子的不应该死死揪住不放。但是立诸之争实际上是涉及到明朝整个文官集团利益。按照明朝律例，读书人是处在社会最顶层的特权阶层，这一特权在大明朝前期，对巩固朝局稳定起到了很大作用，但是到了后期，就成为妨碍发展的一大至酷。
皇帝要是立三皇子为储，就相当于更改了祖制。皇家祖制都可更改，作为维护皇家权利的律法当然就可更改。文官集团为了保住自己的利益不受到威胁，只有死死抓住祖宗传下来的皇家祖制和律法，不让这些条条框框稍有更改。有人评判大明朝整体文人满嘴仁义道德，满腹男盗女娼一点也不为过。
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