潜艇部队在作战方面由其兵种指挥官指挥。 M.但涉及到多兵种协同作战计划的问题，则由刘令飞和有关的太平洋舰队各分舰队司令本这着协商一致的原则加以解决。有些人的意见是，应把潜艇部队部署在盟军舰队驶往海上战场所要通过的海域，尤其是海峡附近，而不应把潜艇巡逻线设置在大洋上。
这时，可使用潜艇执行以下几种任务：
1：集中使用潜艇切断敌人通往目标区域的补给线；
2：进行照相侦察，查明预定登陆地域以及与未来作战有关的敌军事设施；
3：空袭时，遂行救生任务；
4：在目标区域或敌基地附近，遂行侦察任务，以查明敌人的动向，并对企图反击之敌进行阻击；
5：拦击企图逃离目标区域的敌舰船。
中华潜艇战绩卓著，而盟军潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。盟军的各型潜艇普遍吨位小，较陈旧，显然比中华的周级潜艇差得多。但是，日本新造的伊型潜艇则完全可以与中华国的大型潜艇媲中华。
中华加入战争时，中华太平洋和远东地区的潜艇在数量上与盟军的大致相同。然而，中华国的潜艇大部分是周级的，而盟军潜艇则多是旧型号的。
此外，中华的鱼雷比盟军的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，盟军潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期，盟军潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。
然而，盟军在潜艇作战方面的失误，主要是日本统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。日本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，日本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
紧靠美国一家的潜艇在对航道进行破坏，可在中华先进的反潜驱逐舰和反潜直升机的配合下，美国方面的潜艇，基本上也很难取得很大的成就，也无法改变战争的态势。
德国曾经强调指出，潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器，在德日还未决裂的时候，并再三敦促日本使用潜艇袭击美国的护航运输队。日本对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。
而中华国潜艇则对盟军的货舱不断进行袭击，使盟军的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下，日本对中华国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾，依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。
中华军队开始实施越岛作战以后，日军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后盟军潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给，盟军统帅部根据陆军的要求把潜艇当做补给船来使用。
一些性能很好的潜艇，逐渐被用来担负这种很不适当的任务。当时，中华部队的战斗活动越来越远离本国基地，而更加接近日军基地。尽管如此，日军潜艇的战斗力不但没有提高，反而每况愈下。第二次世界大战中盟军虽然使用了潜艇，可是并不真正了解这种主要兵器的潜在威力，这在古今战史上也是罕见的。
当日军潜艇每况愈下时，中华国潜艇连连击沉许多盟军舰艇。然而，最引人注目的战果还是中华国潜艇对盟军赖以生存的海上补给线的破坏。
对盟军来说，海上运输是一个至关重要的问题。因为日军控制的原料产地没有工业，而在工业地区又缺乏资源。日军必须把原料运回本国进行加工，然后再把成品送给海外各地的部队以供战争消耗。
在这种情况下，日军的海上运输主要有两条航线。一条是从美国经由日本海，把铁和煤运往日本本土。另一条更重要的航线是从南洋资源地区，经由太平洋（以前是南海，台湾和琉球），把物资运回日军本土。
只要盟军船只能在这两条主要航线上畅行无阻，往返货运就会顺利进行。但在南洋资源地区的作战行动告一段落后，南洋资源补给量迅速减少，南下的日军船只多是装货不足或者空船运行。
而在当初日军把战场扩大到南太平洋以后，就需要有许多船只把物资从盟军本土直接运到南太平洋地区。这时，主要航线也有两条：一条从大阪到马朱罗。另一条从东京、横滨经小笠原群岛、塞班岛、特鲁克岛至腊包尔，后来又延伸到所罗门群岛。
然而，在南太平洋地区卸载的船只无货可装，只能空船返回日本。日本当局从未用过三角形的航线，即载货的船只从南洋资源地区驶往日本，卸下货物，然后装上军需物资开往南太平洋，卸载后不直接返回日本，而是空船驶往南洋资源地区。
若用这条航线，每艘运输船的空船航程只占其整个航程的三分之一。日军当时实际采用的航线，使每艘运输船的空船航程或仅载有少量货物的航程竟占其整个航程的一半。换句话说，日军所采用的是一个倒V字形航线，而日军本土则位于这条航线的顶点。如果日军采用三角形航线，就会使其在航的船只发挥更大的效用。
唯有从巴厘巴板至马朱罗、特鲁克和腊包尔的一条辅助航线不是V字形的，日军油船沿这条航线为其前方舰队补给油料。这样一来，中华国潜艇就有更多的机会袭击日军的运输船只，使其运输能力减少百分之八至百分之十。
中华在加入战争后，陈绍就下令对盟军船只实施无限制的潜艇战。因为在现代的总体战中，禁运品和非禁运品已经没有什么明确界限。战时，一国的所有船只都会用来为战争服务。盟军的油船和货船装载着石油、铁、锡、橡胶、米和煤等重要战略物资。这些船只与盟军的战列舰和航空母舰一样，都是其战争机器的重要组成部分。
在战争的头几个月里，中华国潜艇的主要活动区域是菲律宾周围的海域、盟军以东的海域、四国和九州之间的丰后水道以及四国和本州之间的纪伊水道等海域。
此前日军的运输船只都是单独航行的，尚未组织护航运输队。后来，由于船只的损失增大，便采取有限的护航措施。后来才组建第一护航舰队，司令部设在当时的菲律宾。其任务是为在东海船只担任护航，后来把护航范围扩大到靠近的马尼拉、西贡和新加坡。
日军护航运输队的编成较小，一般由6-10艘船只组成，仅派1艘老式驱逐舰或小型舰艇担任警戒，这同北大西洋的庞大护航运输队简直不能相比。日军轻视为运输队组织护航的理由与英国二十世纪16年下半年以及30年代的想法颇为相似。就算经历过了先期和美国的战斗，但因为时间尚短，美国潜艇也未把日军的运输队打疼。日本军方在和中华对战之初，对此关注不高。
很重要的亮点，第一，盟军低估了中华潜艇部队对日军的潜在威胁。第二，日军把护航体制视为防御性的手段，而日本的海军和陆军都一味主张进攻，很不重视防御性的行动。
与日军相反，中华认为，为运输队组织护航可为消灭敌人潜艇提供最好的战机，这是一种防御和进攻相辅相成的作战形式。既然日军认为护航任务是防御性的，这种护航行动就难以得到联合舰队司令部的支持。
联合舰队不同意派舰队驱逐舰临时遂行护航任务。在联合舰队看来，遂行护航任务即使是临时性的，也是同海军舰艇的基本使命背道而驰的。因此，护航舰艇难以得到加强和补充。
日军虽然建立了护航组织，可是，最高统帅部依然念念不忘要尽可能保持单艘船只运输的灵活性，而不在大型运输队的周围设置一个强大的警戒舰艇幕。这种企图两面兼顾的作法却事与愿违，无论对保护运输船，还是对消灭潜艇都是无效的，潜艇能够轻易地避开单艘护航舰艇。
如果日军有一支由5-6艘警戒舰艇和30-50艘运输船只组成的护航运输队，那么，就可以在既不降低运输能力，又不增加护航舰艇的情况下，更有效地保障运输队的安全。此外，由多艘军舰组成的强有力的护航舰艇群，与单艘护航舰只相比，肯定会对来袭的潜艇造成大得多的威胁。
到了中兴十六年2月，在美国的帮助下，日军终于设立了海上护航总司令部，较大规模地采取护航措施。然而，中华的潜艇部队这时已开始采用狼群战术与之对抗。尽管盟军的护航运输队还有许多弱点，但编入护航运输队的船只比单独航行的船只少损失百分之六十以上。
而且，中华国潜艇被盟军护航运输队的护航舰艇击沉的，比被巡逻舰艇、飞机、水雷等兵器击沉的多。由此可见，如果日军更早一些而且更加有力地采取护航措施，就会大大削弱中华国潜艇的战斗能力。
至此以来，日军在海上的大部分船只都能得到某种形式的护航了。鉴于日护航运输队的规模较小，中华潜艇实施突击的“狼群”一级不超过3艘潜艇，以便在战斗中保持密切协同。
最初，实施这种狼群战术的方法是2艘潜艇分别在护航运输队的两侧占领攻击阵位，第3艘潜艇在敌人后面，准备袭击受伤的舰船，但是，要想对来去匆匆的护航运输队准确地占领这样的攻击阵位是非常困难的。
因此，战斗活动教令规定，潜艇为占领适宜的阵位可以随机应变。中华潜艇艇长们堪称为水下战斗的专家，他们既能昼夜实施攻击，也能在不同深度上从各个舷角进行攻击，其中包括从目标正前方和正后方这种困难的舷角进行攻击。因此，潜艇的战绩迅速扩大。
不单单是日本，美国在中华潜艇的打击下，也是损失巨大。盟军的运输船只，特别是生死攸关的油船，被击沉的数量急剧上升，盟军战争机器的效能也随之迅速下降。
人们不会忘记，在后世第二次世界大战期间，菲律宾海海战的前夕，日军由于本土油料储存不足，其机动舰队不得不以塔威塔威岛为作战基地。海战结束后，小泽率领其残存的舰只返回日本本土，修理完毕和补充弹药后，便因本土严重缺油而陷入困境。栗田则率领大部分水面舰艇开往南方。指林加地区。这样，日军舰队就只好分驻两地了。南方油料虽然充足，可是没有修理设备和弹药。这样，当美军为进攻菲律宾而实施莱特湾海战时，日本帝国舰队在这最后一次舰队规模的大决战中，却被分割在两个辽阔的海域，并被各个击被。如果日本将其航空母舰部队不是仅仅当作一种诱饵，而是当作一支强大的战斗兵力予以灵活运用，也许会获得很大的战果，然而，日航空母舰却无力进行攻击，这主要是因为航空燃料不足，加之自中途岛海战以来损失了大批飞行员，而且没有训练有素的飞行员加以补充。这样一来，后世美国潜艇就可以从容不迫地追踪和袭击从东印度群岛向本土运油的盟军船只。
到了中兴十六年的七月份，日军至南洋资源地区的海上交通线基本上已被切断，仅仍能从美国本土，由日本海运进物资。由于日本海的所有入口都已布雷，中华潜艇在一般情况下不能进入这一海区活动。在找到某种方法避开布设在日本海入口的雷群之前，日本海就象潜艇艇员们所说的那样，成了“裕仁天皇的御池”了。因此，封锁日本本土的任务也难以完成。
然而让日本高兴不了多久，一种新的电声装置——微声纳终于研制出来。这种装置能使潜艇发现其周围水中的物体，并能象显示舰船那样也把水雷显示出来。尽管这样水雷探测器材还存在种种不足之处，但经过一段时间后终于被中华潜艇用于实战。事实证明，它是为进入盟军海而开辟通道的关键性器材。
有了这种探雷装置之后，日本海的雷场威胁也就不存在了，许多中华潜艇进入了日本海，对美国支援日本物资进行最后的破坏。
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