戚继光的想法很简单，这三人虽然有罪，但过错不大，免去他们的职务也算对朝廷有了交代。在蓟镇有自己的管束，以他们的能力，用不了多长时间就能积累功劳官复原职。
谷中虚也认可戚继光的想法，但他不敢直接拍板，建议戚继光找高层领导想想办法。戚继光无奈只好去找张居正，并提出了自己的想法，有罪当认，有错当罚，不必遮掩，让他们到蓟镇戴罪立功就好。
张居正并没有太当回事，像这种克扣军饷的案子，他一年不知道要处理多少。他有点担心的是三人到蓟镇后，会不会对戚继光造成不好的影响，进而破坏蓟镇当下的大好形势。
于是在张居正授意下，兵部侍郎谷中虚、福建巡抚何宽将此事压下，没有处理三人，但也没有让他们去蓟镇任职，而是调往浙江另有任用。
戚继光得知后，心底并不赞成如此处理，但张居正毕竟帮了自己很大的忙，他要是再多说什么，难免让人觉得自己得寸进尺，不知好歹。
但很快福建巡按御史杜化中就弹劾戚继光，说他收受三人贿赂，替他们向兵部侍郎谷中虚行贿，故而被从轻判罚，得到继续任用。
这件事来的太快，张居正马上就意识到自己掉入了别人的陷阱，设圈套的人无疑就是高拱。对方这是醉翁之意不在酒，他们弹劾王如龙三人的目的就是为了牵出戚继光，继而拉自己下水。张居正一时不察，没想到落入了高拱的圈套，关键是这三人确实私德有亏，如今被别人抓住了把柄，并借此诬陷戚继光行贿受贿，不但自己的英名受损，恐怕还要连累谷中虚以及何宽。
戚继光被弹劾后悲愤不已，向朝廷上《陈情书》，首先表明自己的清白，并为三将申辩，希望朝廷念在他们有功于社稷，给他们戴罪立功的机会，言辞恳切，充满悲凉。
但高拱并没有放手，他一心想要借助此案打击戚继光，逼迫张居正向自己靠拢。
此时张居正还无法与高拱抗衡，权衡利弊后，为避免蓟镇练兵半途而废，他亲自找到高拱，将一切的罪责揽到自己身上，只求能够让戚继光脱罪，并无奈的答应助高拱登上首辅之位，这才让高拱放手。
此案史称“边防三将案”，最后以兵部侍郎谷中虚与王如龙等三将被罢免，福建巡抚何宽回籍听候发落收场。而戚继光因张居正力保，只是被严厉批评，他满腔悲愤，无处宣泄，只能把全部精力都集中在蓟镇训练和作战上。
此案后，高拱在内阁更加不可一世，大学士陈以勤不得已称病归隐，掌都察院大学士赵贞吉被迫致仕，首辅李春芳独力难支，也只能于隆庆五年（1571年）五月乞休归田。高拱终于如愿以偿接掌内阁，从此越发趾高气扬，颐指气使，专擅国柄。这造成了他与大多数朝臣仇隙不合，和张居正之间的矛盾也越来越深，成为他以后被逐的主要原因。
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