“边防三将案”后，张居正担心戚继光心中幽怨，行事失措，经常写信对其进行善意的提点与规劝，要他以大事为重，谨慎小心，注意搞好与上下左右的关系。
为了给戚继光一个更宽容的工作环境，张居正尽力协调他与周边文官的关系，多次与巡关御史沟通，希望他们不要找戚继光的麻烦，还给顺天巡抚刘应节和参政凌云翼等人写信，让他们帮助戚继光调适众情，使其能顺利进行工作。
戚继光对张居正的关照心存感激，将他视作亦师亦友的存在，书信言谈中更加谦恭，二人的关系也日益亲密。
高拱虽然行事专横，但励精图治，洗刷颓风，振兴朝政，政绩卓然，的确是治世能臣。他也深知蓟镇能稳如泰山，戚继光不可或缺，所以并没有选择继续打压戚继光，反而在很多方面给予支持。
在高拱、张居正和谭纶的全力支持下，戚继光只需要专心于军事而不必参与政治。凡是应当安排的事，都已经由总督和内阁大学士安排妥当，如果连他们都无法安排，那戚继光也不必再多费唇舌。
在如此良好的工作环境下，戚继光顺利完成了长城和敌台的修建，蓟镇防御已今非昔比，固若金汤。边兵的训练也走上正轨，士卒的战斗力与日俱增。
为了进一步提高蓟镇边兵的战斗力，戚继光不断申请南兵北调，到隆庆四年入蓟作战的戚家军兵力已达万余。虽然提高了边兵的素质，但客观上也造成了蓟镇军内部南北兵混杂，矛盾丛生的情况。
一来南兵本就是在由戚继光一手操练出来的，因此戚继光对南兵可以指挥自如，管理如意，而北兵则无法适应这样严格的要求。造成南兵普遍瞧不起北兵，而北兵又觉得南兵骄横，彼此都看不顺眼。
二来由于这种战斗力的差距，导致车骑步混编部队的核心，车营主要力量来自于南兵，也就是说技术兵种都被南兵占据，而北兵只能做一些“苦差事”，这也引起了北兵的不满。
而南北两地的将领非但不去劝阻，反而有个别人做一些火上加油的举动，这更加剧了双方之间的矛盾。戚继光深知要保持军队的战斗力就必须尽快解决这一问题，将为兵之首，要解决南北兵之间的矛盾，首先就要解决南北将领之间的矛盾。
隆庆四年(1570年)六月，戚继光召集麾下所有不当值的将领，前往蓟镇最大的河流--州河视察水上防务，他把所有人集中在一条大船上，等船起航后，他环顾众人问道：“诸位知道我们现在哪里吗？”众将士面面相觑，不知该如何回答，有性子直率的答道：“回禀将军，我们乘船在州河上。”戚继光指着外面齐心协力操船的士卒道：“对啊，我们在州河的大船上，全船之人只有同心协力，掌舵的掌舵，掌桨的掌桨，撑帆的撑帆，才能将此船撑过州河，等船到对岸，大家才能去往自己的目的地。可如今我们还身在船上，如果人心不齐，力不往一处使，一旦遇到风大浪急，随时倾覆，大家都只能一起被淹死。”
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